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海外开发说
当时邹衍的大九州观点十分流行，认为在海外还有很大的疆土。邹衍的大九州学说引导和鼓舞沿海的航海家、探险家积极地开发海外。秦始皇所向往的正是：凡是日月所照的地方，都是他的疆土；凡是人的足迹所到达的，都是他的臣民。于是，为了扩大自己的版图，就打着求仙药的幌子，派徐福出海，实际上，却是为了实现自己疆土四至的理想。《吕氏春秋为欲篇》也指出了当时秦国统治者的理想：“北至大夏，南至北户，西至三危，东至扶木，不敢乱矣。”东至扶木就是东至扶桑，即后来所说的日本。这应该就是秦始皇对国家版图的宏伟目标。
东渡何处徐福东渡是否到了日本，这是诸谜中争论最为激烈的一个。有学者认为，三神山一般是指日本国。日本还保存有很多有关徐福的遗迹，如徐福登陆地、徐福祠、徐福冢、徐福井等。其佐贺市、新宫市等地都被传为是徐福当年登陆日本的地方。但也有学者认为徐福最终的目的地是韩国。因为韩国也有有关三神山和徐福东渡的传说和曾活动的遗迹。此外，还有说去了南洋的，也有说到了海南岛的，更有说到了美洲的。这种说法认为，徐福东渡是先到了日本，后来又到了美洲，并在美洲自立为王不归。檀香山遗留下带有中国篆书刻字的方形岩石，旧金山附近有刻存中国篆文的古箭等文物出土。这些古代文物是当时徐福这批秦人经过时所遗留的。而墨西哥湾地区有批居住山区的黄种人，据称是秦采药人的后代。
在近现代，早在“五·四”运动前夕的1918年，陶亚民先生首先发表了《徐福事考》一文，王辑五先生把研究徐福与研究中日海上交通史结合起来，提出了一些新观点，当时一些著名史学家，如汪向荣、卫挺生等，也参与了这一研究。1981年，汪向荣先生再论“徐福东渡”，又重新掀起了徐福研究的热潮，而且一改其年轻时认为司马迁在《史记》里只是原原本本地记载了“方士们的不真实的宣传”，认为“徐福是实在的人物，他的入海是为了逃避始皇帝的虐政，是有计划的海外移民。”他还指出：若对中日关系史和日本古代史发展过程进行认真观察、探讨的话，也不能轻易地否定这一传说。近二十年来，这一研究取得了不少瞩目的成绩。一些中国有影响的史学元老和中青年史学工作者也对这一课题颇感兴趣。如复旦大学的吴杰教授、辽宁大学的孟宪仁。
教授、天津社科院的王金林教授、浙江大学日本文化研究所的王勇教授等，都曾立著论述。另外像台湾的彭双松教授、日本的梅原猛教授、壹岐一郎教授、水野明教授等也都对这一课题作了较为深入的研究。然而，由于《史记》对徐福求仙事的记载“语焉不详”，使得这个历史事件成为一宗千古疑案，史学界不少人把它看成是一只烫手的山芋。近些年来，虽然有人试图从考古学、人类学、航海史等多角度来佐证这一历史事件，但很难有突破性的进展。要说认同，只有两点，一是历史上确有徐福其人，二是确实下过海。至于其出身在何处，在哪儿出海，出过几次海，东渡的目的是什么，最后到的“平原广泽”究竟是什么地方，这一切还都是争论的焦点。因此，有些史学家就提出，单从历史学的角度来研究徐福与日本的关系，容易陷入空论与臆测。