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据《史记》记载，秦始皇希望长生不老，西元前219年，秦始皇派徐福率领童男童女数千人、以及够用三年的粮食、衣履、药品和耕具入海求仙。但并未找到神山。西元前210年，秦始皇东巡至琅岈，再度派徐福率众出海，徐福到达“平原广泽”未再返回。民间一直有种比较传奇的说法认为：日本人就是这些一去不复返的童男童女后裔。日本人是中国人的后代，徐福是日本人的老祖宗！
其实这个问题并不简单，从现代基因学研究的角度，日本人是绳纹人（10000年前-公元前一世纪）和弥生人（公元前三世纪—公元三世纪）的混血后裔，绳纹人种系特征最为复杂，同时表现出与阿穆尔河流域诸民族和东南亚民族的类似特征。弥生人则更可能与某些东北亚地区的史前移民相关，其父系血统与朝鲜人和部分满族人相近。
在弥生时代之后，日本似乎还出现了一批“骑马民族”，日本进入古坟时代（公元300年-600年），或称大和时代，至此日本主要的移民潮才算终结。日本人在经历复杂混合后，体质人类学特征恰好接近汉朝的中原人，很可能存在很大的偶然性。
另外，还有类似的情况，很多朋友会问，朝鲜人与福建人最为接近时怎么回事？朝鲜族和福建汉族的容貌差异很明显啊，朝鲜族的脸很大，常有人用“大饼脸”来描述。这主要因为：一方面，福建汉族类似古代中原人，面部比较短（低面），这样在比例上，面部就相对北方汉族偏圆阔；另一方面是因为朝鲜族和福建汉族的颅骨特征接近程度更高，这些特征不太容易在肉眼可见的容貌特征上体现。
日韩遗迹及文化
日本和歌山县新宫市有许多祭祀徐福的神社，庙宇和陵墓，羽田等氏姓也自称是徐福的后裔，日本历代天皇都用高规格祭礼祭祀徐福。在济州岛正房瀑布陡峭的崖壁上，刻有齐国刀文「齐臣徐市 迁王过之」疑似古篆字样。当地传说游徐福第一次渡海寻找海外神山去的就是济州岛（古名瀛洲），后来徐福主动上书诈骗秦始皇以寻找不死药为名，保护田氏齐国皇室，带领三千童男童女、百谷百工、上古历史、诗书礼仪、鲁削切玉，远渡日本和歌山（古名蓬莱），国号大和。
求仙药说
这是目前最为通行的说法，在秦代方士是很流行的。在齐地和燕地，这样的方士很多。战国齐威王、齐宣王、燕昭王时，便有大批齐、燕方士入海求蓬莱仙药。和徐福同时代的方士也有很多，像卢生、韩终、侯公等。徐福作为方士中最著名的一个，为始皇入海求药，是可能的。
避祸复仇说
秦始皇暴政，一部分人敢于揭竿而起，另一部分人就消极抵抗，在沿海地区，就有很多人向海外移民。徐福是知识分子，他不满秦的暴政，但又无能为力，于是表面上热衷于寻找仙药，实际上是寻找合适的机会移民。山东师范大学山东地方史研究所所长朱亚非教授认为。持这种观点的人很多，《汉书》中说：“徐福、韩终之属多赍童男女人海，求神采药。因逃不还，天下怨恨。”唐代诗人汪遵《东海》诗也写道：“漾舟雪浪映花颜，徐福携将竟不还。同舟危时避秦客。此行何似武陵滩。”作者把徐福入海不归比作陶渊明《桃花源记》所写的武陵郡渔人避秦乱而移居桃花源之事。也有人认为徐福东渡是为了报秦亡齐国之仇，消灭族之恨而策划的一次叛离始皇恶政统治的行动。