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中国的命案破案率一直位居世界前列。这一成果虽然有利于维护社会安全，但其中难免出现急于破案和草率定案的问题。陈永生分析的20起冤案中，无一例外存在严重的刑讯逼供问题。其中最为严重的吴鹤生案中，被告人遭受了71次刑讯逼供，最终司法机关仅凭其中一次有罪供认就将其定罪。
赵作海案获纠正后，时任商丘市公安局副局长在刑讯逼供问题上依然闪烁其词，说“冤案或许不是公安机关有意制造”，将其归咎于“民警素质和办案机制”。此后，3名涉案民警被追责刑拘，这也是冤案纠正之后，少有的办案人员被追责的案例。
现有的刑事诉讼程序也设置一定的避免刑讯逼供的机制，例如在佘祥林案件中，面对公安局提交的存在明显疑点的证据材料，检察院多次退回补充侦查，法院也曾发回重审，但最终还是走向了有罪判决。其中关键的转折点就在于政法委牵头举办的“三长会议”（公安局长、检察长和法院院长）。当时被害人家属召集了200多人多次上访，造成了很大的社会压力。出于维稳考虑，政法委出面调节，将若定罪本应判处死刑的疑案，从轻以15年有期徒刑结案。
最近得到纠正的李怀亮案，也出现了类似问题。出于维稳考虑，据报道，司法机关与死者家属签订了“死刑保证书”，“约定”如果判处李怀亮死刑或者死缓，死者家属将停止上访。此外，政法委还有可能出于完成“任务”的考虑而出面调节。2002年，最高司法机关发起清理超期羁押案件的运动，在这个背景下，因证据不足而被长期羁押的赵作海被迅速提起公诉，最终造成冤案。事后调查发现，办案公安机关以清理积案的缘由将赵作海提交商丘市政法委讨论，商丘市政法委召集公检法三家召开专题研究会，对案件进行协调，要求商丘市检察院20日之内必须诉到法院。
有学者将此类因为政法委协调而造成的冤案称为“政法冤案”。2005年，时任中央政法委书记罗干在全国政法工作会议上指出，除涉及国家安全和维护社会稳定的案件外，县级政法委一般不协调案件。中央政法委和省级政法委在实践中很少参与协调刑事案件，因此政法委的个案协调主要发生在地市级层面，而大部分已发现的冤案都涉及严重的暴力犯罪，一审管辖权在中院，与之相对应的正是地市级的政法委。
学者侯猛研究发现，“政法委有时候充当所谓‘枪头子’的作用。当大家都不愿意承担案件责任，就有可能推到政法委，像我们现在推行错案追究制，法院的办案人员怕承担责任，就有可能提交政法委讨论决定。”
著名律师陈有西分析，从公安局、检察院、法院再到政法委，“平反一个冤案，涉及的机关不下10个，涉及的有司法权的实权人士，不下几十个”，因此冤案申诉的过程也就是一个被告与一大群有权人士的博弈，如此失衡的博弈，结果昭然，那就是“牺牲一个，保护大家”。
完善纠错机制
佘祥林案纠正后，时任最高院副院长万鄂湘说，错案是无法避免的，是否司法不公应该从最后纠正的结果看。尽管已有众多冤案昭雪，但根据陈永生的分析，既然大多冤案都是出于非常偶然的原因浮现出来，那么隐藏的冤案数量可能更为惊人。
据他研究，冤案中的被告人大部分属于农民、工人、个体户等处于社会弱势阶层的群体。这个事实足以显示，不论是审判还是伸冤过程中，蒙冤者所能调动的社会资源并不多，他们只能依赖正式的纠错体制，如果连这根救命稻草也没有，那么对于他们来说，实现“个案中的公平正义”无异于期待500万大奖。