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中国渔船的非法作业主要集中在东海黄海南海等海域，但远至太平洋“对岸”的澳大利亚、秘鲁、智利等国海域也出现了中国渔民非法捕鱼的身影。据澳洲《星岛日报》报道，澳洲当局2006年在其专属经济区内进行的打击非法捕鱼行动中，截获的最大吨位船只即为中国渔船，分别是“德远宇001”和“德远宇002”号。而在执法过程中，中国渔船逃逸后澳方海巡船曾向中国渔船开火示警。无独有偶，2005年印尼炮艇曾炮击中国福建渔船，其中很重要的一个原因就是渔船的捕鱼许可证已经过期且没有续签。而远在大洋彼岸的秘鲁曾在2004年发起历史上最大的打击非法捕鱼行动，针对的即是中国渔船。秘鲁方面称中国渔船在公海和秘鲁专属经济区分界线附近捕鱼，在没有秘鲁海警巡逻的时候进入专属经济区捕鱼，海警到来之后又逃到公海以躲避追捕。
争议海域捕鱼更需谨慎：
中国专属经济区多与邻国重叠，领土纠纷和渔业冲突交织
由于中国在各海域和邻国之间均存在多处领土纠纷，如中日钓鱼岛争端、中国与东南亚诸国存在南海争端。在争议地区的捕鱼所发生的纠纷更加复杂，其中具有代表性的便是中菲美济礁和黄岩岛争端所导致的捕鱼争端。在《联合国海洋法公约》生效以后，菲律宾在1997年对黄岩岛提出了主权要求，并称黄岩岛位于菲律宾专属经济区内，开始加大在黄岩岛附近海域的巡逻力度。1999年，在黄岩岛海域就发生了菲律宾军舰撞沉中国渔船的事件。
争议海域捕鱼应搁置，日本划定钓鱼岛禁渔区日方渔船也不得进入
面对争议海域多如牛毛的局面，特别是争议大并且极其敏感的海域，各方最好的选择是搁置捕鱼，以免局势恶化。据台湾海洋巡防总局官员刘斌全指出，台、日双方均将钓鱼岛12海里海域设定为禁渔区，各国渔船皆不得在禁渔区作业，虽然钓鱼岛海域在台湾当局的暂定执法线内，但“海巡署”仍表示钓鱼岛周围12海里不能捕鱼。与此同时，日本方面也禁止本方渔船赴钓鱼岛捕鱼，以此保护日方渔民的安全。（据CCTV、世界新闻报、新华网、北京青年报、国际先驱导报、环球时报）
由于渔业资源分布的特点，优质渔场大多分布在大陆架内，而这一区域恰恰是主权争端最集中的区域，这导致了本身并不难解决的非法捕鱼问题复杂化。况且，中国近海优质渔业资源多分布在邻国专属经济区内，而两国间达成的渔业协定只能提供海产品需求量一小部分，中国渔民的非法捕鱼相对严重。但排除客观因素，对两国间的渔业协定，以及他国法律的遵守也是应有之义。