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四是健全各项管理制度。健全协作机制，相关部门要各司其职、密切配合、共同推进。健全考评制度，明确岗位职责，将系统应用和技术支持纳入学校教师职务(职称)评聘和工作考核。健全培训制度，实现区县教育行政部门和学校全覆盖，培训结束要通过考核，持证上岗。还要健全工作交流制度，奖惩制度，举报、通报等制度。
五是构建运维长效机制。各地要尽快落实全国学籍系统应用培训、运行维护和技术支持所需经费和人员，并满足持续发展需要。建立系统运行、维护、应急响应、数据保密等制度，细化要求，责任到人。建立运行监测机制，及时准确掌握运行情况。健全系统运行问题研判机制，畅通学校和教育行政部门快速反映和解决全国学籍系统问题的渠道。