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南通大学杏林学院前身为南通医学院杏林学院，始建于1999年2月，是江苏省首批按新机制、新模式设置的本科层次国有民办二级学院，2004年5月在南通医学院、南通工学院和南通师范学院三家组建合并南通大学后，学院更名为南通大学杏林学院，于2005年5月经教育部批准转办为独立学院。
南通大学杏林学院比较好的专业有：
自动化、机械工程及自动化、计算机科学与技术、汉语言文学、电子信息工程、统计学、临床医学、行政管理。
南通大学杏林学院招生的专业有：
自动化专业
机械工程及自动化专业
计算机科学与技术专业
汉语言文学专业
电子信息工程专业
统计学专业
临床医学专业
行政管理专业
轻化工程专业
市场营销专业
医学检验专业
集成电路设计与集成系统专业
服装设计与工程专业
土木工程专业
纺织工程专业
护理学专业
资源环境与城乡规划管理专业
化学工程与工艺专业