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财政部对《国家农业综合开发资金和项目管理办法》(财政部令第29号、第60号)进行了修订，修订后的《国家农业综合开发资金和项目管理办法》已经部务会议审议通过，现予公布，自最新或2022（历届）年1月1日起施行。
国家农业综合开发资金和项目管理办法
第一章 总则
第一条 为了规范国家农业综合开发资金和项目管理，保证资金安全有效和项目顺利实施，根据《中华人民共和国预算法》(以下简称预算法)等法律、行政法规和国家有关规定，制定本办法。
第二条 本办法所称农业综合开发是指中央政府为支持农业发展，改善农业生产基本条件，优化农业和农村经济结构，提高农业综合生产能力和综合效益，设立专项资金对农业资源进行综合开发利用和保护的活动。
第三条 农业综合开发的主要任务是加强农业基础设施和生态建设，转变农业发展方式，推进农村一、二、三产业融合发展，提高农业综合生产能力，保障国家粮食安全，带动农民增收，促进农业可持续发展和农业现代化。
第四条 农业综合开发项目包括土地治理项目和产业化发展项目。
土地治理项目包括高标准农田建设，生态综合治理，中型灌区节水配套改造等。
产业化发展项目包括经济林及设施农业种植基地、养殖基地建设，农产品加工，农产品流通设施建设，农业社会化服务体系建设等。
第五条 农业综合开发实行国家引导、民办公助的多元投入机制，发挥市场在资源配置中的决定性作用，资金和项目管理应当遵循以下原则：
(一)因地制宜，统筹规划;
(二)集约开发，注重效益;
(三)产业主导，突出重点;
(四)公平公开，奖优罚劣。
第六条 依照统一组织、分级管理的原则，合理划分国家农业综合开发办公室(以下简称国家农发办)和省、自治区、直辖市、计划单列市、新疆生产建设兵团、黑龙江省农垦总局、广东省农垦总局(以下统称省)农业综合开发机构(以下简称农发机构)的管理权限和职责。
国家农发办负责管理和指导全国农业综合开发工作，拟订农业综合开发政策制度和发展规划，管理和统筹安排中央财政农业综合开发资金，对农业综合开发资金和项目进行监管。
省级农发机构负责管理和指导本地区农业综合开发工作，拟定本地区农业综合开发具体政策和发展规划，分配本地区农业综合开发资金，组织开展农业综合开发项目管理，确定本地区各级农发机构的管理职责，对本地区农业综合开发资金和项目进行监管。
第七条 农业综合开发主要扶持农业主产区，重点扶持粮食主产区。非农业主产区的省应当确定本地区重点扶持的农业主产县(包括自治县、不设区的市、市辖区、旗及农场，下同)。
第八条 农业综合开发应当以促进农业可持续发展为目标，优化开发布局。对资源环境承载能力强、能够永续利用的区域实行重点开发;对资源环境承载能力有限，但有一定恢复潜力、能够达到生态平衡和环境再生的区域实行保护性开发，以生态综合治理和保护为主，适度开展高标准农田建设;对资源环境承载能力较差、生态比较脆弱的区域实行限制开发，以生态环境恢复为主。
第九条 农业综合开发以农民为受益主体，扶持对象包括专业大户、家庭农场、农民合作组织、农村集体经济组织以及涉农企业与单位等。
第十条 农业综合开发实行开发县管理。土地治理项目应当安排在开发县。
开发县实行总量控制、分级管理、定期评估、奖优罚劣的管理方式。
国家农发办根据总体资金规模、各省资源禀赋、开发政策等核定各省的开发县总数量，省级农发机构在总数量以内根据耕地面积、产业优势、工作基础等确定本省具体开发县。
第二章 资金管理
第十一条 中央财政与地方财政分别承担农业综合开发支出责任。
中央财政根据农业综合开发工作的目标和任务在年度预算中安排必要的资金用于农业综合开发。
地方各级财政投入资金应当列入同级政府年度预算。
第十二条 中央财政农业综合开发资金分配主要采取因素法，分配因素包括基础资源因素、工作绩效因素和其他因素，其中以基础资源因素为主。
基础资源因素包括耕地面积、高标准农田建设规划任务、粮食及棉花糖料等大宗农产品产量、水资源等基础数据;工作绩效因素包括资金管理、项目管理、综合管理、监督管理等工作情况;其他因素主要包括特定的农业发展战略要求、政策创新情况等。
财政部可以根据年度农业综合开发工作任务重点，适当调整每年分配资金选择的具体因素和权重。
第十三条 农业综合开发可以采取补助、贴息等多种形式，吸引社会资金，增加农业综合开发投入。
第十四条 国家农发办根据农业综合开发项目的类型和扶持对象规定项目自筹资金的投入比例。
鼓励土地治理项目所在地的农村集体和农民以筹资投劳的形式进行投入。
第十五条 农业综合开发财政资金投入以土地治理项目为重点。省级农发机构根据国家农发办的规定和本省资源状况和经济发展要求确定本省土地治理项目和产业化发展项目的投入比例。
第十六条 农业综合开发财政资金应当用于以下建设内容：
(一)农田水利工程建设;
(二)土地平整、土壤改良;
(三)田间道路建设;
(四)防护林营造;
(五)牧区草场改良;
(六)优良品种、先进技术推广;
(七)种植、养殖基地建设;
(八)农业生产、农产品加工设备购置和厂房建设;
(九)农产品储运保鲜、批发市场等流通设施建设;
(十)农业社会化服务体系建设;
(十一)国家农发办规定的其他内容。
第十七条 农业综合开发财政资金的支出范围包括：
(一)项目建设所需的材料、设备购置及施工支出;
(二)项目可行性研究、初步设计(实施方案)编制、环境影响评价、勘察设计、工程预决算审计等支出;
(三)工程监理费;
(四)科技推广费;
(五)项目管理费;
(六)土地治理项目工程管护费;
(七)贷款贴息;
(八)国家农发办规定的其他费用。
第十八条 本办法第十七条中规定的项目管理费由县级农发机构按土地治理项目财政投入资金的一定比例提取使用，财政投入资金1500万元以下的按不高于3%提取;超过1500万元的，其超过部分按不高于1%提取。
项目管理费主要用于农业综合开发项目实地考察、评审、检查验收、宣传培训、工程招标、信息化建设、工程实施监管、绩效评价、资金和项目公示等项目管理方面的支出。
省级、设区的市级农发机构项目管理经费由本级政府预算安排，不得另外提取。
第十九条 农业综合开发财政资金应当严格执行国家有关农业综合开发财务、会计制度，实行专人管理、专账核算、专款专用。
第二十条 各级财政部门应当根据法律、行政法规和财政部的有关规定，及时、足额地拨付资金，加强管理和监督。
第二十一条 农业综合开发项目财政资金支付实行县级报账制，按照国库集中支付制度的有关规定执行。
土地治理项目实施单位要严格按照规定的程序和要求办理报账。县级财政部门应当根据已批准的年度项目实施计划和工程建设进度情况，及时、足额地予以报账，并根据项目竣工决算进行清算。
产业化发展项目，县级财政部门应当在项目完成至少过半后办理报账，并在项目完工验收后根据验收确认意见及时、足额支付财政资金。
第二十二条 农业综合开发项目结余资金应当按照规定收回同级财政。
第三章 项目管理
第二十三条 农业综合开发项目的前期准备是指项目申报前的准备工作，包括制定开发规划、建立项目库、编制项目可行性研究报告等。前期准备工作应当做到常态化、规范化。
第二十四条 地方各级农发机构应当根据国家农业综合开发政策和本地区经济社会发展中长期规划，编制农业综合开发规划及阶段性开发方案。
第二十五条 国家农发办应当适时公布下一年度农业综合开发扶持政策和重点。
第二十六条 地方各级农发机构根据国家农业综合开发扶持政策、扶持重点和本地区农业综合开发规划及阶段性开发方案，建立项目库，并实行动态管理。
第二十七条 纳入项目库的项目应当有项目建议书。项目建议书的主要内容包括项目建设的必要性、建设单位基本情况、建设地点、建设条件、建设方案、投资估算及来源、效益预测等。
第二十八条 项目申报单位向当地农发机构申报下一年度项目时，应当提交项目申请和项目可行性研究报告等材料，并对申报材料的真实性负责。
可行性研究报告应当根据项目类型的要求编制，其主要内容包括：项目建设背景和必要性，申报单位基本情况，建设地点、现状与建设条件，产品方案、建设规模与工艺技术方案，建设布局与建设内容，组织实施与运营管理，投资估算与资金筹措，环境影响分析，综合效益评价以及必要的附件等。
产业化发展项目申报单位可以将可行性研究报告与项目建议书合并编制，并向当地农发机构提交。
第二十九条 项目申报单位申报的项目应当满足以下条件：
(一)土地治理项目应当符合相关规划，有明确的区域范围，水源有保证，灌排骨干工程建设条件基本具备;地块相对集中连片，治理后能有效改善生产条件或生态环境;当地政府和农民群众积极性高。
(二)产业化发展项目应当符合产业政策和行业发展规划;资源优势突出，区域特色明显;市场潜力大、示范带动作用强、预期效益好;项目建设符合生态环境保护和资源节约利用要求。
第三十条 省级农发机构负责组织评审本地区申报的农业综合开发项目。
省级农发机构根据本地区实际情况可以下放项目评审权限。
项目评审应当以有关法律法规、行业标准和农业综合开发政策为依据，对申报项目建设必要性、技术可行性和经济合理性进行评估和审查，为项目确立提供决策依据。
第三十一条 在评审可行的基础上，由负责组织评审的农发机构根据资金额度，择优确定拟扶持项目和资金数额。项目原则上一年一定。
负责组织评审的农发机构应当将拟扶持的项目及资金数额通过互联网等媒介向社会公示，涉及国家秘密的内容除外。公示期一般不少于7日。
第三十二条 拟扶持项目确定后，项目实施单位应当组织编制初步设计(实施方案)，主要内容包括：项目总体设计，主要建筑物设计，机械、设备及仪器购置计划，配套设施设计，工程概算，项目建设组织与管理，项目区现状图和工程设计图等。
土地治理项目初步设计(实施方案)由省级或者设区的市级农发机构负责组织审定。
产业化发展项目初步设计(实施方案)由项目实施单位自行审定后报县级农发机构备案。对于不涉及工程建设内容的产业化发展项目，初步设计(实施方案)可根据具体情况由评审通过的可行性研究报告或者项目建议书替代。
第三十三条 地方各级农发机构应当根据拟扶持项目初步设计(实施方案)的审定或者备案情况，编制、汇总农业综合开发年度项目实施计划。
省级农发机构负责批复本地区农业综合开发年度项目实施计划，并报国家农发办备案,同时抄送财政部驻当地财政监察专员办事处(以下简称专员办)。
地方各级农发机构应当按照年度项目实施计划开展项目实施、检查验收工作。
第三十四条 农业综合开发项目应当推行项目法人制。土地治理项目按照国家有关招标投标、政府采购、工程监理、资金和项目公示等规定执行;产业化发展项目由项目实施单位自行实施，并实行资金和项目公示制。
第三十五条 项目实施单位应当按照初步设计(实施方案)组织实施项目，按期建成并达到项目的建设标准。
农业综合开发项目建设期一般为1-2年。
第三十六条 年度项目实施计划必须严格执行，不得擅自调整或终止。确需进行调整或终止的，由省级农发机构负责批复，省级农发机构可以适当下放项目调整的批复权限。
前款所称项目调整是指项目建设内容、建设地点和建设期限发生变化。
终止项目和省级农发机构批复调整的项目应当报国家农发办备案。
第三十七条 土地治理项目竣工后，项目实施单位应当逐项检查初步设计(实施方案)完成情况，及时编报项目竣工决算，做好项目竣工验收前的准备工作。
项目竣工决算审批管理职责和程序要求，由省级财政部门确定。
第三十八条 土地治理项目由省级或者设区的市级农发机构组织验收。验收的主要内容包括执行国家农业综合开发规章制度情况、项目建设任务完成情况、主要工程建设的质量情况、资金到位和使用情况、工程运行管理和文档管理情况等。
产业化发展项目由县级农发机构组织验收。验收时，县级农发机构应当进行实地核查，确认项目完成情况。
第三十九条 土地治理项目实施单位应当依照《基本建设财务规则》(财政部令第81号)有关资产交付管理的规定及时办理资产交付，并根据资产交付情况明确管护主体。
土地治理项目管护主体应当建立健全各项运行管护制度，明确管护责任、管护内容和管护要求，保证项目工程在设计使用期限内正常运行。
第四十条 省级农发机构应当按规定时限向国家农发办报送上年度项目实施计划完成情况，同时抄送财政部驻当地专员办。
第四十一条 对财政资金投入较少的项目和贴息项目，省级农发机构可以简化有关项目申报、初步设计(实施方案)、项目调整、项目验收、资金报账等方面的程序和要求。
第四章 监督管理
第四十二条 各级农发机构应当按照预算法、《中华人民共和国政府信息公开条例》等有关规定，公开农业综合开发项目立项政策、申请条件、提交申请材料目录、评审标准、程序和结果等情况，接受社会监督。
第四十三条 各级农发机构应当制定、实施内部控制制度，对农业综合开发资金和项目管理风险进行预防和控制。
第四十四条 各级财政部门和各级农发机构应当加强对农业综合开发资金和项目的预算绩效管理。
国家农发办采取直接组织或委托第三方的方式，对各省的农业综合开发资金和项目开展绩效评价和进行监督检查。
地方各级农发机构应当定期对本地区农业综合开发资金和项目开展绩效评价，加强事前、事中、事后的监督检查，发现问题及时纠正。
第四十五条 财政部驻各地专员办应当按照工作职责和财政部要求，开展农业综合开发资金有关预算监管工作。
第四十六条 监督检查、绩效评价和预算执行监管结果应当作为分配农业综合开发资金的重要参考。
第四十七条 农业综合开发财政资金使用中存在违法违规行为的，各级财政部门应当按照预算法和《财政违法行为处罚处分条例》等国家有关规定追究法律责任。
农业综合开发项目实施过程中发现存在严重违法违规问题的，地方各级农发机构应当及时终止项目。
第四十八条 对存在严重违法违规问题的农业综合开发县，省级以上农发机构应当暂停或取消其开发县资格。
第四十九条 各级农发机构应当积极配合审计部门、财政部门的审计和监督检查，对发现的问题及时整改。
第五章 附则
第五十条 省级农发机构应当根据本办法，结合本地区的实际情况，制订具体实施办法，报财政部备案,并抄送财政部驻当地专员办。
第五十一条 中央有关部门农业综合开发资金和项目管理参照本办法执行。
农业综合开发利用国际金融组织及外国政府贷款赠款项目管理办法另行制定。
国家对涉农资金统筹整合使用另有规定的，依照其规定。
第五十二条 本办法自最新或2022（历届）年1月1日起施行。财政部发布的《国家农业综合开发资金和项目管理办法》(财政部令第29号)和《财政部关于修改〈国家农业综合开发资金和项目管理办法〉的决定》(财政部令第60号)同时废止。