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正式员工自动离职的，单位应该及时与职工办理离职及退工手续。如果职工违反服务期约定的，则用人单位可以追究其违约责任;如果职工没有提前30天通知单位而直接离职，因此而给用人单位造成损失的，用人单位有权要求职工进行赔偿。
《劳动合同法》
第三十七条 劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。