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阿米巴经营要着眼于每一个员工的利益和发展。阿米巴的发展能为每一位员工创造财富、价值和快乐，真正地实现个人和阿米巴组织的共赢。
阿米巴经营并不强调经济奖励，因为这会激励各阿米巴组织去争抢有限的设备资源和人力资源等。结果将使得企业整体效益变差，而阿米巴经营要的是整体效益。
1. 通过人人成为经营者，员工在工作中感受人生的意义和成功的喜悦
阿米巴经营要营造“人人成为经营者”的工作氛围，使全体员工共同参与经营成为可能。如果全体员工能够积极参与经营，在各自的岗位上主动发挥自己的价值，履行自己的职责，那么他们就不仅仅是单纯的劳动者，而将成为并肩奋斗的伙伴，并会具有作为经营者的意识。
阿米巴经营的全员参与，实际上是激活了阿米巴组织的活力，激励全体员工为了阿米巴的发展而齐心协力地参与经营，有自我认同和成就感，都成为阿米巴的经营者，最终形成一个员工和阿米巴紧密地绑在一起，从而消除劳资双方的对立，又能最大限度地发挥每个人的积极性和主动性，如此一来，每当履行了自己在工作的职责之后，就会在工作中感受人生的意义和成功的喜悦。
2. 关注整体效益，追求附加价值的最大化
阿米巴关注整体效益，追求附加价值的最大化。在阿米巴经营中，阿米巴设定的经营目标不是成本而是生产量和附加值。核心点是以最少成本、费用，实现最大业绩的阿米巴经营团队，关注点在于阿米巴团队创造的附加值。
当然，每个阿米巴的经营业绩会有差别，但公司并不因此在工资、奖金上有差别待遇。对业绩好的阿米巴组织只是做些表扬，颁赠纪念品等，对阿米巴团队更为注重精神奖励。对经营业绩不佳的阿米巴组织，公司会严格追究责任。
阿米巴经营既提高了员工的成本意识和经营头脑，又提高了员工的职业道德和个人素质，并且对经营业绩进行全局把握。
3. 阿米巴经营模式强调员工的幸福感，把员工的发展放在首位
阿米巴经营模式强调员工的幸福感，把员工的发展放在首位，这也是阿米巴经营模式的魅力所在。
在日本京瓷公司，稻盛和夫把追求员工及其家庭的幸福，作为公司第一目标。位列第二的目标是为了协作商的员工及其家庭的幸福，第三目标是为了客户，第四目标 是为了社区，第五目标才是为了股东。这个目标序列，很大程度上代表稻盛和夫经营哲学的内涵。这也是实行阿米巴经营最重要的一道关。