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税法规定，企业发生的合理的工资薪金支出准予税前扣除。其中的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
(一)企业制订了较为规范的员工工资薪金制度;
(二)企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平;
(三)企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的;
(四)企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务;
(五)有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
实务中，部分地区可能针对上述原则制定量化的标准，但这种做法存在争议。
除了国有性质的企业，其工资薪金不得超过政府有关部门给予的限定数额外，其他企业发放工资的多少应属于市场行为，税法不应过多的干预。但由于缺乏明确的量化标准，使得企业存在避税的空间。
由于大部分企业的工资制度都是当月计提下月发放，对于12月份的工资一般在下一年度发放，对于这部分工资是否可以税前扣除，各地规定不一。大部分地方采取的做法是在当年汇算清缴期内或者下一年1月份发放即可税前扣除，但也有地方规定，当年不发放的即不得税前扣除，比如新疆。
部分地区将工资薪金支出税前扣除和个人所得税联系起来，如青岛地税规定，如企业没有代扣代缴个人所得税，则相应的工资薪金不得税前扣除。
还有地区规定，工资薪金的扣除要求用工企业依法与劳动者签订《劳动合同》并网上备案。如青岛国税在业务问答中明确，除返聘退休人员、建筑企业雇佣农民工、雇佣劳务派遣人员等7种特殊情形外，用工企业依法与劳动者签订《劳动合同》，并通过人力资源社会保障劳动关系网络系统网上备案，其实际支付的工资薪金方可税前扣除。
对于大型企业集团内部人员流动产生的工资在哪方扣除问题，各地规定亦有区别。
此外，企业因雇用季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员以及接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用，应区分为工资薪金支出和职工福利费支出，并按《企业所得税法》规定在企业所得税前扣除。其中属于工资薪金支出的，准予计入企业工资薪金总额的基数，作为计算其他各项相关费用扣除的依据。
股权激励
国家税务总局公告最新或2022（历届）年第18号中规定的股权激励，是指《上市公司股权激励管理办法(试行)》中规定的上市公司以本公司股票为标的，对相关人员进行的长期性激励。在我国境外上市的居民企业和非上市公司，凡比照《上市公司股权激励管理办法(试行)》的规定建立职工股权激励计划，且在企业会计处理上，也按我国会计准则的有关规定处理的，其股权激励计划有关企业所得税处理问题，可以按照18号公告执行。企业应关注税前扣除时点的规定，即实际行权时方可税前扣除。对于18号公告之外的股权激励的企业所得税处理，建议参考相关会计规定，如《企业会计准则第11号―股份支付》、《企业会计准则解释第4号》(财会[2010]15号)等。
对于股权激励的个人所得税规定，主要涉及授予时、行权时和行权后三个时点，具体处理参见《关于个人股票期权所得征收个人所得税问题的通知》(财税[2005]35号)、《关于个人股票期权所得缴纳个人所得税有关问题的补充通知》(国税函[2006]902号)、《关于股票增值权所得和限制性股票所得征收个人所得税有关问题的通知》(财税[2009]5号)和《关于上市公司高管人员股票期权所得缴纳个人所得税有关问题的通知》(财税[2009]40号)。
职工福利费支出
与将工资薪金错计入福利费相比，税务机关更关注将福利费错计入工资薪金的情况。国税函[2009]3号与财企[2009]242号对相关项目不同的认定加大了企业的税务风险。企业应按照国税函[2009]3号的规定进行纳税申报。
对于有些项目除了正确分类外，还涉及能不能税前扣除的问题，比如职工旅游费，不同地区做出了截然相反的规定。
值得注意的是，职工福利费是企业个人所得税处理时容易忽视的问题，从职工福利费中支付给单位职工的人人有份的补贴补助应并入纳税人的工资薪金收入计征个人所得税。
职工教育经费支出
为鼓励企业创新，针对不同企业的职工教育经费支出，税法规定了不同的比例。一般企业比例为2.5%，经认定的技术先进型服务企业和中关村、东湖、张江三个国家自主创新示范区、合芜蚌自主创新综合试验区内的高新技术企业比例为8%。
对于集成电路设计企业和符合条件软件企业，职工教育经费中单独进行核算职工培训费用，可按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除，其余部分按2.5%的比例处理。
对于职工教育经费的管理，应按《关于企业职工教育经费提取与使用管理的意见》(财建[2006]317号)的规定处理。
工会经费支出
工会经费的所得税处理除需符合规定比例外，还需取得财政部统一印制并套印财政部票据监制章的《工会经费收入专用收据》或者代收机关开具的工会经费代收凭据。
工会经费应按照《中华全国总工会关于加强基层工会经费收支管理的通知》(总工办发[最新或2022（历届）年]23号)等规定进行管理。对于工资总额和福利费受限的企业，可能通过工会经费发放相关补贴补助，对于该部分人人有份的补贴补助需并入纳税人的工资薪金收入计征个人所得税。
各类基本社会保障性缴款和住房公积金
依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准缴纳的社会保险费和住房公积金可以在企业所得税前扣除，超过部分不得扣除。涉及的个人所得税处理按《关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财税[2006]10号)等规定处理。
补充养老保险和补充医疗保险
根据规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。此处应注意参保对象应为全体员工，仅针对部分高管人员的不在此列。
对于补充养老保险的个人所得税事项按《关于企业年金职业年金个人所得税有关问题的通知》(财税[最新或2022（历届）年]103号)和《关于做好企业年金职业年金个人所得税征收管理工作的通知》(税总发[最新或2022（历届）年]143号)处理。
对于补充医疗保险，各地社保主管部门管理方式不一，如天津要求凡参加当地基本医疗保险并按时足额缴纳基本医疗保险费的企业，都应建立补充医疗保险，而北京要求参加了当地基本医疗保险的企业可以为本单位职工和退休人员建立补充医疗保险。由于不属于个人所得税免税范围，企业为职工缴付的补充医疗保险应扣缴个人所得税。