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末日柯南变回工藤新一后，向小兰透露一切，警方也在新一的协助下，将阿进和沃克的组织一网打尽，可另一个主谋卡尔却侥幸逃走了，为了抓住他，新一、小兰及好友服部踏上了追踪之旅。“对了，工藤新一，我们怎么找卡尔呀！”
在一个黑漆漆的屋子里，小兰问道。“杯户市立大饭店。”新一肯定地说道：“我已经得到可靠消息。”他们立即赶到杯户市立大饭店，这是个豪华饭店，而且常常爆满，要想找到卡尔，可不是件容易的事，经查阅住店记录，没有发现卡尔住店。大家都为失去一条重要线索惋惜，新一则在一旁盯着电表。沉思了一会，“恩……原来如此”新一自言自语道。“干吗呀，工藤新一？”
服部疑惑地问。“我敢断定，卡尔一定住过这里，而且住的就是302房，你们看，只有302号房用电最少，我深知卡尔这人，他十分喜欢在黑暗中思考，不会开灯，我想他一定是在考虑重建组织，所以住在302号房间的人一定是卡尔。”“哎呀，不好，302号房的客人刚才已经退房了。”服部拿着手上的住店记录惊呼道。新一接过记录一看，命令道：“快追！他一定没走多远，笔迹还很新。”“去哪？”小兰问道。“当然去市外呗！快！别让他跑了。”新一边跑边说。果然，他们刚追出去不久就发现了卡尔，他正在与人通电话。
接着，新一一行人尾随卡尔来到小瀑布处，瀑布四周都是悬崖峭壁，巍峨的群山遮住了部分阳光，失去了阳光普照，无形中给人增添了几丝惧意。此时，一个人走向他们走来，对着小兰迎面就问：“请问你是小兰吗？”“是呀，什么事？”小兰不解地问。“毛利先生找您有事，请跟我来。”那人慢条斯理地说道。“我也去吧！”服部担心小兰，主动要求陪小兰同行。“你们去吧，我留下来跟踪卡尔。”工藤新一说。谁知，毛利先生找小兰的消息是假的，当服部和小兰赶回时已不见工藤新一，小兰大叫：“工藤新一，工藤新一……”可回应他的只有震耳欲聋的涛声。“小兰，你看。”服部惊奇地说。
只见工藤新一的帽子丢在地上，四周有杂乱的脚印，悬崖边上有一根断裂的数藤，小兰看到这一切，“扑通”一声瘫倒在地，他发现了眼前有封信，打开一看，上面写着：小兰，服部：我早已发现那个传信人是卡尔的手下，但我并未阻止，就当是一种告别方式吧！为了组织卡尔作恶，我预备和狡猾的卡尔同归于尽，但这样做定会给我的朋友们带来悲伤，尤其小兰，但除此以外没有什么更好的解决方式了，因为卡尔实在是太狡猾了，他不会轻易上我们的当。
永别了，朋友们！你们的好友：新一绝笔经警方后来调查，新一是把卡尔引至悬崖，搏斗扭打无望取胜的情况呀，抱住卡尔众身跳下悬崖，与卡尔同归于尽了。谁也不会想到一位名侦探，为了打击罪恶的黑暗组织头目，长眠于一悬崖之下。