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第二军医大学创建于1949年9月，隶属于中国人民解放军总后勤部，现为国家“211工程”重点建设院校，军队3所获准设置研究生院的单位之一，全国首批开办八年制医学教育的院校之一，36个“国家生命科学与技术人才培养基地”之一。学校建筑面积100余万平方米，拥有现代化的教学楼群、图书馆、实验室、先进的室内外体育场馆和遍及全校的校园网络，是一所培养卫生事业专门人才的全国重点医科大学。
学校下辖基础部、海军医学系、药学系、卫生勤务学系、护理系、中医系、外训系、研究生管理大队、长海医院、长征医院和东方肝胆外科医院等单位。其中，海军医学系、药学系、卫勤系、中医系均为全军唯一的专业系，外训系是全军唯一的医学留学生培养基地。
学校始终坚持党的教育方针和军队办校原则，紧紧围绕培养合格国防卫生人才这一主线，在艰苦奋斗中创业，在改革开放中创新，培养和形成了“求实、创新、严谨、献身”的优良校风、“博雅、仁爱、笃行”成为全校人员共同价值取向和精神追求。“十五”以来，在军委和总后党委的正确领导下，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，以教学为中心的各项成果取得了丰硕成果，学校的全面建设呈现出持续快速、健康发展的良好势头。
师资力量雄厚，办学体系完整
学校现有在职高级专业技术职务人员近900名。博士生导师200名，硕士生导师500名，250余名专家教授享受政府特殊津贴，150余人在国家学术机构任职。
在教学、医疗、科研领域，学校拥有一批国际、国内、军内知名的专家教授。现有两院院士4名：著名肝胆外科专家、中国科学院院士、国家最高科学技术奖获得者、中央军委授予“模范医学专家”称号的吴孟超教授；中国科学院院士、总后勤部“一代名师”陈宜张教授；中国工程院院士、全国首届中青年医学科技之星、全国“十大杰出青年”、国家“973项目”首席科学家曹雪涛教授；中国工程院院士、全国巾帼建功标兵王红阳教授；“长江学者奖励计划”特聘教授、总后勤部“科技金星”、全国留学回国人员先进个人夏照帆教授。
学校现开设八年制临床医学、五年制临床医学、海军临床医学、公共事业管理、麻醉学、护理学、生物技术、中医学、药学等8个专业，拥有法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学等7个门类学位授权学科，招收博士、硕士、本科、大专等不同学历层次学员，形成了以本科和研究生教育为主、学历教育与任职教育并重的办学体系和育人模式。建校至今，共为部队、地方培养了近50000余名卫生事业合格人才。有在校学员近6000人。形成了以本科和研究生教育为主、专科教育为辅、各类继续教育为补充的完整的办学体系。
2005年，我校作为全军首批招收无军籍学员的四所院校之一，开始招收无军籍学员，即学员“从参加普通高等学校招生统一考试的应届高中毕业生中招收，在学校学习期间无军籍，享受军队提供的相关待遇，毕业考核合格的办理入伍提干手续并分配到军队单位工作”。
教学设施先进，教学质量领先
学校拥有现代化的教学场馆、外语语音室、电脑教学中心等完善的教学设施。电脑、投影仪、闭路电视等多媒体设备在教学中广泛应用。以教学为主的电化教材、网络教学逐渐配套和系列化，三所附属医院均安装了手术彩色摄像机，电教中心制作了近500部电教教材，极大地充实和丰富了学员的授课内容。
学校图书馆建筑面积近1.1万平方米，阅览座位800余个，现有馆藏图书50余万册，中外文纸质期刊1600余种，各类数据库21个，中外文全文电子期刊1.6万余种。安装有现代化的数据检索和信息查询服务系统。图书馆内设有5个多媒体阅览室，学员可免费在网上方便、快捷地查阅图书和资料。
学校始终坚持教学工作的中心地位不动摇、教学改革的核心地位不动摇、教学基本建设的优先地位不动摇，从教学内容、方法、手段等主要环节和教学质量控制入手，重点实施了课程教学设计改革、主讲教员负责制、本科教学导师制、双语教学等重要教改举措，把启发式、讨论式、研究式等先进教育方法和信息化教学手段引入课堂教学实践。“十五”以来共获得国家级教学成果奖3项，军队教学成果一等奖3项、二等奖9项，建成国家精品课程1门，军队优秀课程9门，1本教材获得全国优秀教材一等奖。连续7年学校共有10篇论文被评为“全国百篇优秀博士论文”，学校成为上海市研究生学位论文免检单位，临床博士后流动站被评为全国优秀博士后流动站，护理学成为全国首个护理学博士学位授权学科。
科研优势明显、学科特色鲜明
学校现有人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、放射医学、航空航天与航海医学、药物化学、药剂学、生药学、药物分析化学、微生物与生化药学、药理学、生物学、生理学、遗传学、内科学（消化系病学）、影像医学与核医学、外科学(普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤、野战外科）、中西医结合临床等26个国家重点建设学科；全军及上海市重点建设或领先学科共45个；拥有全军医学研究所、医学专科中心、重点实验室30个；免疫学和神经生物学两个团队分别入选国家自然科学基金优秀创新群体计划、教育部长江学者和创新团队发展计划。
“十五”期间，学校科学研究工作继续保持领先。牵头承担的省部级以上科研基金项目有1039项，经费总额3.05亿元。其中“973”牵头项目等国家重大、重点项目共77项，列全军医科院校首位；承担国家自然科学基金面上项目399项，获资助经费1.06亿元，总额列全国医科院校第1名。共获军队二等奖（含）以上成果70项，总数居军队医学单位之首。2005年获国家技术发明二等奖，是当年度全国医药系统唯一的最高发明奖。医学免疫学研究取得重大突破，获得2003年度国家自然科学二等奖，成为军队院校系统迄今为止获得的最高等级自然科学奖;研究成果发表在国际顶级刊物《自然·免疫学》上，影响因子分值达28.18分,标志着我国免疫学研究进入国际先进行列。发表国内核心期刊学术论文总计9259篇，被引用16371次，引用次数居全国医科院校第1名；发表SCI论文457篇，位列全国医科院校第3名。总计申报专利314件，获得专利授权155件，荣获中国专利金奖1项。成功转让科技成果24项，合同值达1.46亿元；签订科技合作协议35项，协议值7141万元，累计到款1.02亿元,名列军队院校前茅。
仪器设备精良、医疗水平精湛
学校拥有磁共振、CT系统、PET、单光子发射计算机断层扫描（ECT）、直线加速器、透射式电子显微镜、原子吸收分光光度计、流式细胞仪、全自动生化分析仪等现代化教学、医疗、科研仪器设备34596台（件），总值近14亿元。
学校长海、长征、东方肝胆外科三所附属医院现展开床位3500余张，年门、急诊量230余万人次，收治住院病人9.4万余人次，其中包括20多个国家和地区的国际友人、海外华侨及港、澳、台患者。肝胆外科、胸心外科、烧伤外科、骨科、神经外科、泌尿外科等传统医疗特色继续保持并不断发展，并在肝脏、肾脏等器官移植术，微创治疗术，以及胰腺疾病、血管病、血液病、急救、多囊肾病、真菌病、多发伤和多脏器功能衰竭诊治等方面形成了新的特色，处于国内领先、亚洲一流、乃至世界先进的水平。目前，拥有11个国家重点学科，10个全军医学研究所，10个全军医学专科（专病）中心，3个国家中医药管理局重点专科（专病）中心，4个上海市临床医学中心，5个上海市医学质控中心，1个上海市示范学科，3个上海市医学领先专业重点学科。长海医院是“全国百佳医院”，长征医院是有百年历史的名牌医院，东方肝胆外科医院已成为国际知名的专科医院。
四川大地震发生后，第二军医大学坚决执行军委、总部命令，先后派出7支医疗队、7支防疫队和1支心理救援队，共278人，携带总价值近600万元的野战医疗装备、器材、药品、野营装备等，分别于5月14日、21日、26日、28日分4批出发，前往灾区实施医疗救援。工作范围覆盖了3个州市（阿坝、绵阳、成都）、7个县市（茂县、汶川、安县、江油、北川、彭州、都江堰）、60多个乡镇。
截至7月21日，二军大医疗队共诊治伤病员19746人次，收治4574例，各类手术1715例，巡诊18130人次；流行病学调查33例，检测水源218处、饮水样品154份，消杀灭面积100万平方米，培训防疫人员近300人次；心理健康宣教1250余人次，心理疏导6852多人次，培训心理咨询员61人。
对外交流广泛、国际影响增强
学校大力加强国际科研合作，与10多个国家30余所科研院所建立了稳定关系，广泛开展学术交流活动，包括诺贝尔奖获得者在内的30多个国家100余名学术大师来校讲学交流，担任客座教授和名誉教授，建立了生物信号传递研究、烧伤休克复苏研究等多个国际研究合作中心，并与美国、英国、德国、日本、澳大利亚、加拿大等34个国家和地区以及美国麻省大学、德国马普生化所等国际著名院校建立了学术交流及合作关系，多次组织和主持国际国内学术会议。不断拓展合作办学渠道，与德国洪堡大学、英国兰开夏大学开展了部分本科生联合培养试点，与复旦大学、同济大学合作培养七年制、八年制学员；完成了50多个国家500多名留学生的培养任务。
文化氛围浓厚、校园生活丰富
学员在严肃紧张的学习、生活之外，还可以感受到生动活泼的校园文化生活。形成了“军大艺术节”、“军标运动会”、“海魂杯”、“百草杯”、“天使杯”、“友谊杯”等各类各具特色的校园文化活动；学校成立了英语角、书画摄影协会、“绿色月亮”环保志愿者协会、“跳跳虎”健美操协会、军乐团、舞蹈团、电声乐队等文化团体；加强了校女子篮球队、军乐团、专家教授合唱团、教授足球队等品牌队伍建设，促进了校园文化活动的蓬勃开展。
学校连续24年开展大学生暑期社会实践活动，连续11年获得中宣部、团中央、教育部、全国学联联合表彰为“全国大学生暑期社会实践先进单位”。“三下乡”博士服务团每年被授予“全国大中专学生‘三下乡’社会实践活动优秀团队”。《人民日报》、《光明日报》、《解放军报》、中央电视台多家媒体报道了我校大学生社会实践的事迹，取得了良好的社会效果。
学校每年不仅组织各种各样的文艺比赛和汇演，而且还邀请校外文艺团体来校演出。学校多功能大礼堂可一次容纳2000人，配有先进的多功能视听室，周末免费为师生播放电影。新落成的综合性军体馆由室内排球、篮球、乒乓球、羽毛球等场馆组成；学校操场铺有塑胶跑道和人工草坪；灯光球场由多块篮球场和网球场组成，在课外活动时间，均为学员免费开放。
后勤保障有力，学员生活方便
学校实行后勤保障社会化，安全、便利、周到的后勤保障服务体系，免除同学和家长们的后顾之忧。
学校学员食堂纳入上海高校后勤保障系统，莱肴品种丰富、口味众多，可满足同学们不同口味、不同档次的需要。学生浴室清洁卫生。学校服务西路设有教育超市、邮政所、工商银行、农业银行、洗衣房等，方便学员的日常生活。
经过半个多世纪的发展，学校在教、医、研方面取得了辉煌的成就。面临新的机遇与挑战，学校秉承“求实、创新、严谨、献身”的光荣传统和优良校风，将不断开拓创新，深化改革，把学校建设成为一所以军事医学为龙头、以临床医学为主干、以基础医学为支撑，学科协调发展、学术大师汇集、育人质量一流、创新能力突出、军事特色鲜明、文化氛围浓郁，办学条件优良，具有较高国际知名的高水平研究型军医大学，为国防卫生事业做出更大贡献。