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小水点从小在深圳这个美丽的特区长大，现在她上小学5年级，她在黄埔学校5年级2班。期中考试时，她全部题都会做，但是考试成绩出来后不是“理想”，语文97分全班第一，数学98分也是全班第一，英语99分也完全是全班第一，可是回到家里，爸爸、妈妈问她：“期中考试有没有100分呀！如果没有我就打你了！”小水点轻声地说：“语文97，数学98，英语99分。”“什么！？你会这么差，为什么不考100分呢！”妈妈说。说完……小水点被关在了房间里，妈妈把窗户上了5把锁，门上了10把锁，就怕小水点跑出来，妈妈还在墙上安装了摄像头（会说话的），小水点难过极了。突然，房间的天花上冒出了一个仙女，仙女二话不说，用魔杖轻轻地在小水点的头一点，一瞬间，小水点感觉 周围的东西都变大了，结果一看原来是自己变小了，这下小水点可就着急的哭了。
小水点变小了，就能从门缝里爬出去了，她来到了后院，一只小燕子渴得晕倒了，小水点连忙从水管的“柱子”上打开水龙头，水落在了小燕子的嘴里，不一会，小燕子醒了，看到了小水点吓了一跳，说：“天哪！我是不是死了，会有这么小的‘人类’！”小水点听了难过地说：“什么吗！我才没有那么小！”说完她们都笑了起来，渐渐地成为了很好的朋友。
小燕子的伤好了，要回家了，小水点也要一起去。小燕子就带着小水点飞呀飞，飞过小河、飞过小溪、飞过高山、飞过草地、飞过……最后飞到了一个美丽的国度——神奇宝贝王国，小燕子的家在“电系区”，神奇宝贝阁，皮卡丘栋，雷丘室。这栋房子里住的全是皮丘、皮卡丘、雷丘，只有小燕子和他们在一起。皮卡丘他们盛情招待了小水点和小燕子。
一天，凤王、银鸟王后、超梦王子、梦幻公主和四大天王、急冻鸟、火焰鸟、闪电鸟还有洛基亚正在商议一个神奇宝贝大会。
小水点知道了，很想去，但是小燕子也很想去，可是……可是……可是小燕子本来就是传说中的神奇宝贝——金鸟。因为出生时被一个仙女施了魔法，只有遇到一个叫小水点的人，和她成为好朋友，并且做三件事，第一是让神奇宝贝王国下雨，第二是让凤凰花开放，第三是一滴真心泪，只有这样才能解除魔法。他们首先去大岩蛇山，在上山时他们在树叉找到凤凰果，凤凰果让小燕子喷火，小燕子很奇怪，只好试了试，成功啦！没想到她会喷火！到了山顶看到了凤凰树，小燕子用火让凤凰花开放了！突然，小燕子病倒了！怎么医也医不好，小水点着急地六流下了真心泪，泪水落在地上，天也下起雨来了！小燕子的病也好起来了！不一会，金鸟出现了！
从此，神奇宝贝王国变得更美了！金鸟和小水点也永远不会分开了。