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禁止农村集体组织内部成员之间的房屋买卖和租赁，形成了宅基地使用权随房流转的事实，这就与现行政策对宅基地使用权流转的限制规定产生了冲突。二是不同法律之间的矛盾。《土地管理法》等现行法律规定农村集体经济组织成员每户只享有一处宅基地使用权，但现实中因继承、购买、申请等原因造成一户村民拥有多处宅基地的现象广泛存在，这就导致了继承人合法的继承权却违反了土地管理法律的矛盾现象。三是同一法律的不同法条之间的矛盾。《物权法》第一百五十二条只规定了使用权人享有占有和使用的自由，并未规定其转让的权利。但是，该法第一百五十三条又对使用权的流转作出了规定:“宅基地使用权的……转让，适用土地管理法等法律和国家有关规定。”出现了前后矛盾的情况。由于缺乏宅基地使用权流转的相关法律规范，尤其是宅基地使用权的没有强制登记制度，实践中转让方与受让方的权利不明，纠纷不断。四是不同部门的法规互相牵制,对宅基地处理意见标准不统一。如“一户一宅”的实施，目前农村一些因子女结婚后确需分户而需要宅基地建房的，公安部门与国土部门，一个是需要取得宅基地才能单独立户，一个是需要取得户籍才能审批宅基地，这样的互为前置条件，导致难以落实。
3、农村宅基地权能的不完全性，导致农村宅基地管理的虚化和缺位。
长期来，农民对宅基地的权能只有占有和使用权，而没有收益和处分权。一方面由于农村宅基地属于福利性财产，在农村集体用地建设范围被剔除。二方面由于法律法规和有关文件禁止宅基地的流转，规定农民宅基地归集体所有，农民可无偿使用，不得转让、出租、抵押。但实际上收效甚微。比如“小产权房”等宅基地使用权隐形流转已存在许久且愈演愈烈，这与法律规定相悖的社会现象严重存在着，而相关职能部门无法监控和制止，缺乏有效的监管措施。导致国家对宅基地使用权流转缺乏规范性的指导，引发了农村住宅市场的无序和混乱。其次是由于农村宅基地权能的不完全性，也导致农村宅基地闲置浪费现象严重，闲置的宅基地长期得不到有效利用，造成了资源的浪费。再次是由于农村宅基地权能的不完全性，也导致城乡发展的不协调。城镇住房可以入市进行交易，而农村住宅却无法进入市场自由流转，这实质上反映了农村住宅和城镇住宅地位的不平等。也导致农村住宅市场有效需求不足，农村住宅价格偏低；另一方面，农民不能合法买卖、租赁或抵押自己的房屋，无法将房屋价值置换为可以变现的资本，也在一定程度上影响了农民增收、农村建设