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《劳动法》减少劳动仲裁时效期间，将其定为相对其他民事诉讼时效期间都短得多的60天的初衷，是为了及时维护劳动者的合法权益，促进劳动仲裁机构及时受理劳动争议当事人的劳动仲裁申请。其出发点无疑是好的，但在现实中存在一些难点。
1、劳动争议仲裁时效在实际上同时成为了劳动争议诉讼时效
目前我国民法中确认的诉讼时效有两类：一是普通诉讼时效，其诉讼时效期间为二年;二是特别诉讼时效，即民事普通法或特别法规定的，仅适用于特定民事法律关系的诉讼时效，如民法通则第一百三十六条规定的适用一年诉讼时效情况和国际货物买卖合同和技术进出口合同争议适用四年的诉讼时效。另还有一个20年最长保护期限。即指从权利被侵害之日起，权利人不知道自己的权利被侵犯，人民法院也只在二十年的期限内予以保护，超过二十年的，不予保护。尚无任何一个条文明确指出，劳动争议的诉讼时效为60天。
从理论上来说，《劳动法》规定的仲裁时效与民法上的诉讼时效在适用范围、权利人行使权利的方式、期间的长短、中止、中断、延长的规定等方面都存在着较大的区别，是两种不同的法律制度，不应混为一谈。但实践中，60天的期限，且不能如其他的民法诉讼时效般中止、中断和延长，这无疑是与《劳动法》保护弱者权益的立法精神及广大劳动者的切身合法利益相冲突的，在客观上更成为了许多用人单位逃避法律责任的“护身法宝”，造成了极其不良的社会后果。
2、要充分理解《劳动法》的立法精神《劳动法》立法者的立法精神，绝对不是将“劳动争议发生之日”等同于“知道或者应当知道权利被侵害之日”的，否则，立法者完全可以和其他所有关于一般民事法律关系平等主体间的财产关系和人身关系的法律规范一样，均把“知道或者应当知道权利被侵害之日”作为诉讼时效起算点，而不必多造出一个“劳动争议发生之日”的新名词出来。
实践中，由于劳动者一方在劳资关系中往往属于弱势群体，在就业困难的情况下，往往在知道或者应当知道自己的权利受到侵害之时，或者是不想失去得之不易的工作;或者是希望用协商的方法解决纠纷;或者是轻信了用人单位的承诺和保证;或者是与用人单位达成了某种协议;通?2换崧砩弦?蟮鹘饣蛳蚶投??橹俨梦?被崽岢鲋俨蒙昵耄?踔敛⒚挥邢蛴萌说ノ惶岢鲆煲椋?瞎?60天，甚至拖至几年的情况屡见不鲜。在这样的情况下，如果简单地将“知道或者应当知道自己的权利被侵害”理解为劳动争议已经发生，只要超过60天就不予受理，无疑是对就业关系事实上不平等这一现状的不尊重和对劳动者合法权益的漠视，更可能会在客观上纵容用人单位随意侵犯劳动者权利的恶劣行为，也是对立法精神的违背。
3、劳动争议仲裁时效中止、中断、延长的规定不够完善
劳动争议仲裁时效目前在实践中，已被当做劳动争议案件的诉讼时效来使用。但与一般的诉讼时效明显不同的是，劳动争议仲裁时效却没有形成一套完整的中止、中断和延长制度，又不能适用一般民事诉讼时效关于中止、中断、延长和最长时效的规定，与我国民事法律制度极其不协调。
目前，关于劳动争议仲裁时效的中止、中断、延长和最长时效等重要问题，只有《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》第23条第二款确认了“不可抗力”或者“有正当理由”超过规定的申请仲裁时效的，仲裁委员会应当受理，却没有形成如同其他一般民事诉讼时效完整的一套中止、中断、延长和最长时效制度。尤其是劳动争议仲裁时效没有明确承认仲裁时效中断制度的存在，劳动争议仲裁时效不能因当事人主张权利或者义务人同意履行义务而中断，致使大量的劳动者在反复与用人单位磋商、请求及轻信用人单位的保证或搪塞过程中，六十日的期限转眼即逝，从而使劳动者合法权利不能真正实现。