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1、执行权的性质决定执行机构无权认定仲裁在决的效力。按照我国诉讼程序法理论，执行中的司法权仅指对执行过程中产生的具体问题进行裁判，如执行和解协议的效力、被执行人变更等，执行机构只能忠实地对生效裁判文书予以执行，对该文书本身的效力的争议不应通过执行部门解决，而只能通过法院的监督机构来解决做出不予执行的裁定违背了执行权利设置的性质。
2、设立仲裁裁决不予执行制度削弱了追才制度的权威性。
仲裁制度在国际民商及领域的快速发展，因为他与诉讼制度相比，有其灵活性、自治性。一裁终局快捷性等特点，他的优越性显而易见，这为仲裁制度树立了较高的权威性。正因为如此，世界许多国家对仲裁裁决效力的阻却规定的法定条件一般比法院判决效力的阻决条件严格得多。在我国，仲裁法设置当事人可申请撤销仲裁裁决的程序，对仲裁裁决的公正起到监督审查作用，但又规定当事人可申请不予执行仲裁裁决程序，纯属多此一举，相反不予执行仲裁程序，大大削弱了仲裁制度的权威性，我们试想，如果仲裁过多地在执行程序中被裁定不予执行，必然使得人们在选择仲裁这种解决和议的方式有所顾忌。另一方面否定仲裁裁决的效力，破坏了生效法律文书的司法权威性，又会影响到社会关系的稳定。按照《民诉法》规定，仲裁裁决被人民法院裁定不予执行，当事人可以根据双方达成的书面仲裁协议重新申请仲裁，也可向人民法院起诉，这就使得仲裁裁决后又使纠纷重新回到不明确的状态。不但影响了仲裁裁决的既判力，也有悖最高人民法院有关“不予执行仲裁裁决一经作出即不能纠正”的司法解释。