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虽然我国立法专门对劳动争议案件举证责任分配进行了具体规定，但在大量的劳动争议案件审理过程中，在争议事实仍然真伪不明时，法官对举证责任如何负担仍有很大疑问。
(一)加班事实难以认定
加班工资一直是劳动争议案件审理的难点，按照我国立法精神，原则上要求用人单位对加班事实承担举证责任，并在举证不足或举证不能时承担相应的不利后果。但在审判实践中，许多用人单位并未建立考勤制度，对加班情况未详细记载，以至于法院在审判时，由于用人单位无法提供相关证据而导致无法认定是否存在加班事实、加班时间长短和性质等问题。还存在用人单位考勤制度不完善，提供的考勤记录未经劳动者签字认可，在庭审中劳动者予以否认，此时法院在认定加班事实时也存在困难。
在处理该类问题时，在审判人员中也有不同观点。有人认为劳动者应当对其加班的事实、加班的时间长短、加班性质等承担举证责任。劳动者可以提供工友证明、工作成果等相关证据证明其加班事实，不应过分加重用人单位的责任。如果劳动者有线索证明用人单位有考勤记录的，应当认定由用人单位承担不利后果。另一种观点认为单位作为管理方应当完善自己的管理制度，而不应将举证责任转嫁至劳动者，只要用人单位不能提供考勤记录，用人单位就应当承担举证不能的不利后果。
(二)未签订劳动合同引起争议举证责任的负担
自《劳动合同法》颁布实施以来，因劳动合同签订问题引发的争议大量涌现。其中，因用人单位未与劳动者签订劳动合同，劳动者主张双倍工资的尤为多见。未签合同的原因是在劳动者还是用人单位，由谁来举证，对此问题，普遍认为应当由用人单位举证证明曾经书面通知劳动者签订劳动合同，是劳动者自身的原因未签订。此时用人单位的举证责任便完成了，否则就应当承担未与劳动者签订劳动合同的责任。
但在审判实践中还存在一些特殊的情况。如我院受理的成都麦高物业经营管理有限公司诉林江事实劳动关系争议一案〔6〕，原告要求不支付未与被告签订劳动合同的双倍工资。按照通常的做法，单位只要证明已经向劳动者发出书面通知，且劳动者签收，便可以免除承担责任。但该案中，被告否认曾看到公司的书面通知，认为是单位的责任。被告林江为单位总经理，其负责单位劳动合同签订事宜。此时，有法官认为只要用人单位能够证明与其他劳动者都签了劳动合同的，可以认定被告知晓劳动合同签订事宜，是由于自身的原因未签订劳动合同。也有法官认为，用人单位如不能证明劳动者曾经收到签订劳动合同的书面通知，仍应当承担不能证明待证事实的不利的后果。
(三)工资标准无法认定时谁来承担举证责任
按照“谁主张，谁举证”的原则，劳动者应当对用人单位拖欠工资的事实举证，但工资发放记录是由用人单位掌握的，按照《劳动争议调解仲裁法》的规定，“与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供;用人单位不提供的，应当承担不利后果”。但在审判实践中存在这种情况，劳动者实际领到的工资与劳动合同签订的工资标准并不一致。如我院审理的陕西戴梦得商贸有限责任公司诉周国虹劳动争议案，〔7〕用人单位以劳动合同为证据，要求法院确认劳动者的工资标准，但并未提供工资发放记录，或者提供的工资记录没有用人单位签章或劳动者签章。劳动者称其工资为基本工资加提成，但无证据证明其诉称的具体数额，导致劳动者工资标准无法查清。此时用人单位应当承担何种不利后果，是否按照劳动者主张的数额予以发放，这给审判实践带来了困难。
(四)“与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理”范围如何界定
“与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理”的证据范畴在审判实践中存在很大争议，一部分法官认为这条举证责任的分配规则加重了用人单位的举证责任，劳动者得就相关证据“属于用人单位掌管”进行举证或提出依据，提出线索，无论在劳动争议案件的仲裁还是诉讼中，都不能将劳动争议纠纷案件中用人单位提供证据责任的规定任意扩大理解及适用。也有法官认为在审判实践中，法官可以依据经验法则及公正、诚实信用原则对是否“属于用人单位掌管”进行判断，由劳动者对是否 “属于用人单位掌管”进行举证是不公平的，绝大多数情况下劳动者是无法举证的。
在审判实践中也有这样的案例，用人单位认为劳动者作为公司的档案等材料的管理人员，在离职时将劳动合同、工资发放记录等相关材料全部带走，导致用人单位在仲裁和诉讼过程中都无法举证。对于该类案件的处理就存在不同的意见。部分法官认为“属于用人单位掌管的”证据材料就应该由用人单位举证，用人单位无法举证就应当承担举证不能的责任，即使相关材料被人带走也属于用人单位内部管理混乱造成的，应当承担相应的责任。另一部分法官则认为，如果用人单位有确切的证据证明应当由其掌握的证据确实被劳动者离职时带走，用人单位则不承担举证不能的责任。