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《劳动合同法》出于对劳动者的保护，对违反服务期约定的违约金数额规定了上限，最高不得超过用人单位的培训费用。实践中，用人单位往往在法律允许的范围内，将违约金规定至最高额，所以，造成了违约金概念和培训费概念的混淆，但实际上它们的法律性质是不同的。违约金是指当事人在合同中约定的，一方违约时应支付给另一方的金额。只要一方违约，就应该向另一方支付违约金。
如果小军和公司有服务期的约定，则应该适用《劳动合同法》的规定，支付违约金5000元。如果没有约定，则适用1995年的规定，不需要向公司支付培训费5000元。
小军和公司有服务期协议，所以应该支付5000元钱，但小军支付的5000元是违约金，而不是培训费。