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“关中农村老百姓把规律叫下数”
否定中医科学性者的最主要一个观点为：中医理论体系与现代科学思想、方法、理论、体系格格不入，应该彻底地否定、抛弃。方舟子甚至声称，“书读得越多，学历越高，我对中医的否定、对中药的怀疑就越大。”他认为，中医理论体系建立在4本中医著作的基础之上，即《黄帝内经》《伤寒杂病论》《难经》《神农本草经》。它们成书时间都在两汉时期。此后中医的理论体系未再有重大的变化。既然中医理论体系远在人类有科学之前就已确立，中医学就不是科学。
关于科学，至今没有一个公认的定义。1999年版《辞海》称：科学是运用范畴、定理、定律等思维形式反映现实世界各种现象的本质的规律的知识体系。《现代科学技术概论》称，科学是如实反映客观事物固有规律的系统知识。
陕西省中医药研究院研究员刘华为认为，科学就是人类发现的客观存在的规律。人类一直在探索客观规律、追求真理，因此除了现代科学，还有近代科学、古代科学。虽然科学一词在清末才传入中国，但在之前中国就有用不同语言表述的这一范畴的概念，称“然”，如道法自然。就像“规律”，关中农村老百姓叫“下数”。西医是现代科学，现代科学主要用了数学的方法。所以古代科学，包括中医、易经等等是科学，但不是现代科学。
“最反感把中医神秘化”
要废弃中医的人提出，中国古代的“医”起源于“巫”，是一个包含了哲学、迷信、民间医术和巫术的混合体。中医讲的经络根本观测不到，外科医生在做手术时也不必担心会割断经络，显然经络并不存在。中医强调主观的“心法”，非理性的“顿悟”。这些显然说明中医是玄学，而不是科学。陕西中医药大学中医基础教研室主任张登本教授说，中医早期和巫术交织在一起，但在汉以前，中医和巫术就逐渐分离了。《黄帝内经》就批判了神鬼。
在刘华为看来，人体科学是相当复杂的,不是光有解剖开能看到的东西，还有没看到的东西。看不见，不能说它不存在。现代医学有体温计，能测出体温高低，但病人说他发冷测不出来，测不出来不能说他不发冷。陕西省中医医院呼吸内科主任马战平主任医师认为，中医讲悟性高，实际就是指脑子聪明，理解东西快，只是一种独特表述。脑子迟钝的人，学西医也困难。马战平最反感有的电视剧把中医神秘化，中医大夫号个脉就啥病都知道。中医看病要四诊合餐。中医号脉可以辨别出来寒热虚实，只能估计疾病大的方向，如果号个脉就知道有没有前列腺炎、肝癌，那纯属胡说。这种神秘化会使中医走向灭亡。
“中医是未来医学发展的一个方向”
否定中医为科学的人认为，中医具有强烈的“恋旧癖”，居然没有任何医学科学的进步使中医发生过丝毫改变。所以两千年前中医是这个水平，两千年后还是这个水平，至今尚未步入自然科学的轨道。刘华为身兼中华中医药学会学术顾问，他认为，中医是实践医学，经过了几千年实践，每个时代都有不同的学说问世。中医没有落后，也不能被取代。中医是一体论，认为自然合理。中医和西医是不同的两个理论体系，所以不可能用西医理论来指导中医实践。马战平说，在战国时期的《黄帝内经》、东汉时期张仲景《伤寒杂病论》以后，还出现了唐朝孙思邈、明代的李时珍，清朝叶天士等对中医理论有贡献的中医学家。如叶天士，发明了温病学、三焦辨证、卫气营血辨证。中医一直在发展。西医发展到今天，应该说对人类的贡献非常大，在感染性、传染性疾病治疗方面疗效显著。但是中医在理论方面还很不完善，把原因搞清楚的疾病也不是很多。许多现代医学界的专家对中医深入研究以后认为，中医是未来医学发展的一个方向。