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副部级大学是目前中国最顶尖的国家重点大学。这些高校的校长、书记等高层领导由中央组织部任命而非教育部任命的大学。一般学校介绍时说“中央直管”，就是副部级大学，也称副部级高等学校(简称“副部级高校”)、中央直管高校等。
北京：清华大学 北京大学 中国人民大学 北京航空航天大学 北京理工大学 北京师范大学 中国农业大学
天津：南开大学 天津大学
黑龙江：哈尔滨工业大学
吉林：吉林大学
辽宁：大连理工大学
陕西：西安交通大学 西北工业大学 西北农林科技大学
上海：复旦大学 上海交通大学 同济大学
江苏：南京大学 东南大学
湖北：武汉大学 华中科技大学
湖南：中南大学
安徽：中国科学技术大学
福建：厦门大学
广东：中山大学
浙江：浙江大学
四川：四川大学
重庆：重庆大学
山东：山东大学
甘肃：兰州大学
（共计31所）
以上31所大学行政级别都为副部级，加上副大军区级的国防科学技术大学共计32所。
高校行政级别逐步取消
党的十八届三中全会公报明确提出，“推动公办事业单位与主管部门理顺关系和去行政化” 。由此，被有关方面和众多有识之士呼吁了多年的大学去行政化，如今终于被列入了国家综合改革的大盘子。如今，从最高决策层到学术圈，从教育部领导到大学管理者，从政府到民间，大学去行政化改革，已然成为无须置疑的共识。
自1952年我国高等教育实行院系调整以来，新中国的高等教育已经走过61年历程。62年来，大学校长一向是由政府直接任命，这就使得中国大学的管理体制与其他国家有明显差异，“责、权、利分工不明确”，难以改变行政本位、官本位的大学组织定位。而只要权力过多地掌控在政府手中，“去行政化”就不可能真正落实到实处。
从政策和制度的安排上，将我国大学分为固定不变的“副部级”、“正厅局级”、“副厅局级”等不同的行政级别。行政等级，按照不同级别享受不同的待遇、获取不同的资源、得到不同的经费等，这一人们现已习以为常的做法，其实质是人为地造成一些大学的养尊处优和一些大学的长期困顿，一些大学的“自我感觉良好”和一些大学的“先天自卑”。
取消大学的行政级别，早在2010年颁布的《国家人才发展规划纲要》和《国家中长期教育改革和发展规划纲要》中已明确提出，但之后就没有了下文。对于“逐步取消学校、科研院所、医院等单位的行政级别”，应该明确时间节点和路线图，否则“逐步”就会变得遥遥无期。
大学加快去行政化，一项必须的前提是，取消大学的行政级别。当前，“副部级大学”、“厅局级大学”自我感觉依然甚好，大学之间在级别攀比上互争高低，却模糊或消减了其教学、科研、社会服务乃至文化传承创新的本质与使命。因此，消除大学之间的行政级别沟壑，取消大学管理人员的行政级别，让“行政的归行政，学术的归学术”，还原大学作为教育学术组织的职能定位，可谓箭在弦上，不得不发。同时，大学行政级别的取消，也需要全社会各方面打破“官本位”改革的配合与协同，不能给正在打破“官本位”的大学发展，制造出新的制约。