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陈文清到任后，经过深入调查分析，发现"严打"比较注重声势，打掉的是那些漂在水面上的严重刑事犯罪分子，而对那些潜伏在"二层水"即将发展成大要案的违法犯罪人员打击不及时，处罚也不到位。所以，造成打击一批又来一批的现象，社会治安不见好转。
陈文清找到了根本的症结后，从打击车匪路霸入手，坚持在违法人员处于萌芽阶段就及时发现、分化、帮教一批，处罚一批，打击一批，不让其蔓延发展。通过三年的努力，终于在1990年，五通桥区被评为全国社会治安综合治理的先进单位。
对于基层治安的整治陈文清有自己的见解，他认为：给人民创造一个安全和谐的环境，绝不是一蹴而就、立竿见影的事情。因此，为了切实抓出成效，他常常晚上驾驶三轮摩托车同两位副局长一道督察巡逻辖区内的大街小巷，此举也极大地鼓舞了广大干警的士气。
在五通桥区担任局长期间，85%以上的大案他都要亲临现场。1988年11月，原湖北武警总队神枪手、获武术比赛第一名的邵、耿两犯，携带两支偷来的56式冲锋枪和上千发子弹，经过湖北、陕西流窜到四川，正经过荣县向五通桥方向而来，沿途已经打死打伤数人。当时情形非常紧急，市局一再命令无论如何要将他们拦截在五通桥区内，绝不能进入乐山市区。在这危急时刻，陈文清挺身而出，奋不顾身地冲在前面，冒着随时可能被"神枪手"击中的危险，爬到了接近罪犯藏身的岩石后面，安装了探照灯，防止罪犯再次乘黑夜逃亡。
1988年底，52名人大代表评选优秀公安局长，他以49票无可争议地当选。人民对他的信任、理解和支持，让陈文清感受了无穷的力量。
学海无涯苦作舟
作为一名选调生，责任感和使命感一直沉淀在陈文清心中。他半开玩笑地对记者说："我一直称自己是尾巴人，就是时时要夹着尾巴做人。因为我作为选调生，深受党组织的培养。大家都用挑剔的眼光看你，因此，各方面都要经受住考验。现在的领导干部与过去不一样，经历战争年代的干部，是从枪林弹雨中打出来的，他们有老资格，我们都得服啊！作为年轻干部，不能靠权力树立威望，要靠自己的知识、能力、人品、人格，让大家在心里真正佩服，这样才能不负众望。所以，不管组织上将我安排到哪里，在哪一个岗位，我都认真地尽职尽责，不断学习，创出新的业绩。"
1994年，四川省国家安全厅成立，陈文清调任安全厅副厅长，分管情报、对外联络、行政装备、"两化"等工作，面对新课题和从未涉猎过的知识领域，陈文清努力学习，从理论上掌握了情报工作的特点及规律，逐渐由外行变为内行。他还自学了领导学、管理学、经济学，并利用业余时间，参加了四川大学工商管理研究生班学习，被四川大学聘为法学兼职教授。
1998年1月，陈文清被推上了厅长的岗位。为了尽快抓住工作重点，实现全厅工作重点由组建、建设到抓业务的工作转移，他提出了"两手抓"战略，并亲自带队到各市地州搞调查研究，迅速协调了与其他部门的关系，调整、充实部分业务骨干到第一线。四川的安全工作很快走在了全国的前列，受到省委和国家安全部的充分肯定。