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争议自然需要通过谈判来解决，但在很长一段时期内，中印处于严重对峙状态，两国未能就边界纠纷进行谈判。1981年，黄华副总理兼外长访印，打开了谈判解决边界问题的大门，当年两国便展开了官员级谈判，至1987年共举行了8轮，由于分歧很大，没有取得任何进展。1988年12月，印总理拉·甘地访华，双方同意成立副部级联合工作小组，继续寻求边界问题的解决办法。
中印联合工作小组迄今共举行了15轮会谈，这个小组为推动两国关系的缓和以及边界问题的解决发挥了重要作用。2001年6月，中印联合工作小组取得了有益的进展，双方就中段争议区取得了共识，次年11月双方正式交换了描绘双方边界控制线的地图。根据计划，联合工作小组将转向东段和西段边界争端的磋商。
但是，初步得到解决的中段争议区占全部争议区不到2％，中印边界的主要问题集中在东、西两段，由于历史背景复杂，接下来的谈判难度很大。比如东段，印度是以英国殖民者炮制的“麦克马洪线”为边界线，而中国政府从来没有承认“麦克马洪线”的有效性。实际上，在“麦克马洪线”出笼后，英印当局长期未敢公开发表，在1936年以前，印官方地图对东段边界的划法，几乎与中国完全一致。是年，英印当局开始按“麦克马洪线”划中印边界，但仍用“未定界”符号，直到1954年才改标成“已定界”，印度独立后逐步实现了对“麦线”以南大片领土的侵占，从而形成了东段争议区。
2000平方公里的争议区双方谈了十几年，要解决12万多平方公里的争议区需要多少年？从谈判实践看，由于双方赋予中印联合工作小组的谈判代表权力有限，继续维持原有谈判机制已不现实。今年6月印度总理瓦杰帕伊访华期间，两国决定任命特别代表，“从双边关系的政治层面上探讨一套边界问题解决方案的框架”。印度委任国家安全顾问布拉杰什·米什拉为特别代表，中方特别代表则是第一外交部副部长戴秉国。随后，印度总理办公室接过了探讨边界争端解决框架的工作。舆论认为，特别代表的设立表明双方准备借助最高层的政治决定，这有利于尽快达成一套解决方案。