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1999年5月13日，安理会就北约袭击中国驻南使馆通过主席声明。
1999年6月17日，美国总统特使皮克林在北京向中国政府报告使馆事件的调查结果。向中国政府报告了调查结果美国有关部门有三个重大失误：一是目标定位方面失误；二是数据库存在缺陷；三是审查程序未能纠正上述两次失误。在此情况下，从密苏里州怀特曼空军基地出发的一架美国B-2轰炸机，于5月7日晚11时向中国驻南使馆这一错误目标投下五枚全球定位系统制导、全天候、负重2000磅的联合直接攻击弹药（JDAM）。由于是夜间飞行，加之飞行的速度和高度，机组无法看清中国驻南使馆的国旗及其他标志，不可能知道轰炸的是中国驻南使馆。
对此，中国政府表示：美方迄今所作的解释难以令人信服并且强调美方必须作出令中国人民满意的交待。
1999年7月28日至30日，中美两国代表团就中方人员伤亡和财产损失的赔偿问题举行第二轮谈判并取得进展。
2000年12月16日，中美两国政府就使馆事件的赔偿问题达成协议。
2000年4月9日，美中情局对与中国驻南使馆被炸有关的七名官员作出处理。
2000年4月13日，外交部发言人孙玉玺表示，美国政府不久前向中国政府通报的对轰炸中国驻南联盟使馆事件的调查结果是站不住脚的，是中方不能接受的。
2000年5月7日，外交部发言人孙玉玺就美国轰炸中国驻南联盟大使馆一周年发表谈话时指出，任何侵犯中国主权的行径都是中国政府和中国人民坚决不能答应的。
北约轰炸中国使馆揭秘：
导读：中国敏感事件只能过了十几年才可以谈的，轰炸大使馆精确无误的目标打击说明了美国轰炸中国大使馆是完全蓄意的，说是“误炸”为了给中国面子和国际法一个交代而已，我觉得，在轰炸之前他们会评估事件各自后果，至于赔偿，不过是几颗导弹的价钱就可以满足的，北约的潜台词：我炸了你这个“问题’使馆，然后给你的钱可以盖十个比现在这个豪华十倍的使馆，显然这是另一个方式的侮辱。写事件性文章力求客观真实，爱国是另一回事，本文写作观点自然充满爱国情绪。文章本文来自网络无署名。1999年5月8日，一个惊人的消息传遍中国传遍世界,美国空军悍然对中国驻南斯拉夫大使馆实施多枚导弹袭击，造成了严重的人员和财产损失。中国政府向美国政府提出强烈抗议，要求美国政府立即就此事件 进行调查并迅速查明真相，严惩肇事者，全部赔偿由此而造成的人员和财产损失，随后，中国政府又召回了驻美国大使。在沈阳．广州．上海．成都的美国领事馆门 前（各大学学校在领导的暗示下全部出动，在警察的引导下奔向美国使领馆）。特别是在北京的美国大使馆门前，民众被“自发”的组织了一系列游行抗议活动，一些愤怒的民众还用石块鸡蛋及各种颜色的染料瓶，对这些美国建筑物进行了一次 “抽象派的外部装修”. （有的地方用车拉来砖头供人们使用）。而美国媒体又是如何对这一事件进行报道的呢？敝人这一期间正在美国工作，正是通过美国媒体了解了这一事件，也目睹了纽约市民在麦哈顿第五大道上的为抗议以美国为首的北约对主权国南斯拉夫和中国驻南大使馆的狂轰滥炸而举行的大规模抗议游行。连续几天，美国并没掩饰轰炸情况，各大电视媒体反复播放一个画面：北京美国大使馆二楼窗户，白色的窗帘遮住了大半个窗户，窗户的左侧有一人宽的缝隙，刚好露出了大使尚慕杰先生那张实在令人“同情”的表情……。他身穿白衬衣，没系领扣，略显凌乱的头发衬托着他满面的忧容,他忧郁的眼神注视着院墙外的愤怒民众，并且不时地把脸尽量靠近玻璃从而看得更宽阔一些..而国内开动所有宣传机器全天候播放被炸的使馆和谴责。