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“爱国者”系统的基本作战单元是连。一个“爱国者”导弹连由1部MPQ-53相控阵雷达、1辆MSQ-104交战控制车、1辆通信车、8辆携带不同型号拦截弹的发射车和其它支援车辆等组成（见图5）。在PAC-3系统的8辆发射车中，预期有5—6辆发射车将携带GEM型 “爱国者”导弹，每辆车上携带4枚导弹；另外2—3辆发射车上将改为携带PAC-3动能拦截弹，每辆车上可以携带16枚拦截弹。因此，一个“爱国者”导弹连将有56—68枚拦截弹。
MPQ-53相控阵雷达是一种单阵面、C波段（4-6GHz）多功能雷达，最大探测距离170公里，担负对空监视，目标探测、跟踪与识别，以及拦截弹的跟踪与制导等多项功能。在作战中，该雷达一旦发现目标，将把获得的目标信息传送给交战控制车，帮助确定所发现的目标是属于弹道导弹、巡航导弹、飞机或无人机。
交战控制车与通信车是“爱国者”系统的作战管理与指挥、控制、通信中心，依据MPQ-53雷达所提供的数据，确定威胁重点，指挥系统各个组成部分工作，下达发射拦截弹的命令和引导拦截弹拦截目标，并确定拦截效果。
PAC-3系统有两种类型的拦截弹（见图6）：一种是GEM型“爱国者”导弹，该型导弹为半主动雷达寻的型导弹，利用弹头在目标附近爆炸所产生的破片杀伤目标，导弹长5.3米、直径41厘米、发射重量为900千克；另一种型号是新研制的PAC-3动能拦截弹，是主动雷达寻的型导弹，通过直接撞拦截并摧毁弹道导弹目标，导弹长5.2米、直径25厘米、发射重量为312千克。
PAC-3动能拦截弹的突出特点是：第一，依靠其高速飞行的巨大动能，通过直接碰撞摧毁目标，具有防御携带核生化弹头弹道导弹的能力；第二，拦截弹的尺寸小、重量轻，原来只能携带4枚PAC-2导弹的一辆发射车，可以携带16枚PAC-3拦截弹，从而大大地增加了防御火力；第三，这种拦截弹也具有反飞机、反巡航导弹和反无人机的能力。
日本导弹防御系统的作战能力分析
日本最初的导弹防御系统是建立在美制陆基PAC-2导弹系统以及海上自卫队4艘装有宙斯盾雷达的金刚级驱逐舰装备的海基标准-2-MR导弹的基础之上的。日本目前在全国总共配备有6个导弹群，每个导弹群有4个导弹部队，每个部队有5个发射装置，每个发射装置实弹配备5枚PAC-2爱国者导弹。日本计划筹建的导弹防御系统由陆基、海基和空基预警系统以及陆基和海基导弹防御系统组成。—空基预警系统主要包括日本已经部署的4架波音767预警机和购自美国的10余架E-2C预警机，能够对起飞段的
弹道导弹进行监控和预警。在陆基部分，日本目前正在筹建“针对朝鲜弹道导弹的警戒雷达网”。具体计划包括部署4处可以跟踪弹道导弹的FPS-XX雷达，—同时对现有6座雷达进行改造，利用共计10座雷达来进行警戒。海基预警主要由宙斯盾雷达来实施。此外，日本还可抄收美国国防支援计划(DSP)预警卫星接收的来袭导弹准-3-1A、标准-3-2型拦截弹和PAC—3拦截弹组成的武器系统。此外，美国和日本还计划在驻日美军基地设立联合作战指挥中心。中心建成后，两国就可以同时掌握其它国家发射弹道导弹的情报，统一做出拦截的决定。