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1996年，因为经手治疗过的患者中先后有13名死亡，新疆生产建设兵团紧急下发《关于立即停止罪犯胡万林非法行医的通知》，明确提出立即停止其非法行医的行为。
1997年11月，出狱后的胡万林在陕西长安县太乙宫镇开办终南山医院。因经其治疗过的患者中有人死亡，不久该医院被当地政府取缔。
1998年初，著名作家柯云路《发现黄帝内经》出版，胡万林被描述成几乎可以包治百病的“当代华佗”，胡也因该书的出版被人们视为“神医”。
1998年10月1日，一位患者在卫达医院喝了胡万林的药后不久死亡，其家属为此和医院发生冲突，当晚，胡万林神秘失踪；12月8日，胡万林在上海被抓获。
1999年1月16日，胡万林以涉嫌非法行医罪被商丘警方正式宣布逮捕。
2000年9月30日，商丘市中级人民法院以“未取得医生执业资格而非法行医，为人治病，在诊断中造成多人死亡，其行为已构成非法行医罪，且犯罪情节特别恶劣，后果特别严重，社会影响极坏”为由，一审以非法行医罪判处胡万林有期徒刑15年，剥夺政治权利5年，并处罚金15万元。
日前，记者亲赴河南某监狱，对在这里服刑的胡万林进行了独家专访。
概不接受记者采访
“什么，你要采访胡万林，要是这样的话，你就不用来了！”记者在打通河南省监狱管理局宣传处王处长的电话时，听说记者要联系采访一名在押犯，王处长首先热情地表示欢迎，但当听说记者要采访的对象是胡万林时，王处长马上说出了上述那句话。
王处长对记者说，在此之前已有不少记者要求联系采访胡万林，但胡万林一直拒绝接受采访，记者表示只要能负责让记者见到胡万林，胡万林是否接受记者采访的工作均由记者负责来做时，王处长终于同意并安排了记者的采访。
采访的地点是河南某监狱管教干部的办公室，随着管教干部的一声叫喊：“胡万林！”一个穿着一身蓝色工作服的身影随即出现在了门前——一米七几的个子，一头短发，曾经的大胡子不见了，稍显瘦削的身躯。这才是一个真实的胡万林，如同我们在大街上见到的任何人一样。
在征得了管教的同意后，胡万林在木制沙发上坐了下来。记者走到他身边，挨着他坐了下来，开始了正式采访。