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在内设机构方面，新“三定”方案明确，国家工商总局设办公厅、法规司、反垄断与反不正当竞争执法局、直销监督管理局、消费者权益保护局、市场规范管理司、食品流通监督管理司、企业注册局、外商投资企业注册局、广告监督管理司、个体私营经济监督管理司、人事司、国际合作司（港澳台办公室）等13个内设机构（正司局级）。
另外，国家工商行政管理总局商标局承担商标注册与管理等行政职能，商标评审委员会承担处理商标争议事宜等行政职能，其干部管理办法不变；其他所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
新设立的食品流通监督管理司的职责包括：拟订流通环节食品安全监督管理的具体措施、办法；组织实施流通环节食品安全监督检查、质量监测及相关市场准入制度；承担流通环节食品安全重大突发事件应对处置和重大食品安全案件查处工作。
反垄断与反不正当竞争执法局，则是在之前的公平交易局（打击传销办公室）基础上设立的。其职责包括：拟订有关反垄断、反不正当竞争的具体措施、办法；承担有关反垄断执法工作；查处市场中的不正当竞争、商业贿赂、走私贩私及其他经济违法案件，督查督办大案要案和典型案件。
公平交易局内设机构包括综合处、反不正当竞争处、反垄断处、经济检查处和打击传销处。该局一位官员告诉《财经》记者，改组之后的反垄断与反不正当竞争执法局的内设机构具体如何设置，目前尚未明确，还要等工商总局进一步规定。