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外界舆论认为，本次事件中，恐怖组织的流动性和本地化趋势十分明显。对此，中国现代国际关系研究院反恐研究中心主任李伟在接受《世界新闻报》采访时认为，当前，对于跨国恐怖分子流动问题，国际社会一直十分关注。因此，加强边境控制对于防止跨国恐怖袭击是十分有必要的。不过李伟说：“我认为，本次印度孟买遭受袭击，主要还是以境内的恐怖组织为主。”
由于民族、宗教问题复杂，社会问题很突出，印境内存在着很多分裂势力、分离组织和极端势力。这些组织主要分布在西部的克什米尔地区和印度东北部几个邦。西部活跃着“虔诚军”、“伊斯兰学生联盟”等30多个极端组织，东部则活跃着“阿萨姆联合解放阵线”、“波多民族民主阵线”等近百个反政府武装组织。
近年来，受“基地”组织及国际伊斯兰极端势力影响，印度国内的极端势力“圣战组织”开始向全国蔓延。
中国境内的恐怖组织
目前，世界上有案可查的非政府恐怖组织多达1000多个。比较活跃且影响较大的也不下几十个，本·拉登的组织是全球最大的恐怖组织。中华人民共和国于2003年12月15日公布了境内第一批认定的4个东突相关的组织为恐怖组织，另外11名相关人员为恐怖分子。对于定性为恐怖组织和恐怖分子，禁止其在中国境内的一切活动，禁止支持、资助、庇护，并冻结它们的资产。
一、 东突厥斯坦伊斯兰运动
“东突厥斯坦伊斯兰运动”(简称东伊运)，是东突恐怖势力中最具危害性的恐怖组织之一。其宗旨是通过恐怖手段分裂中国，在新疆建立一个政教合一的“东突厥斯坦伊斯兰国”。 1993年，新疆和田人买买提托乎提和阿不都热合曼纠集一伙东突分子在境外建立了 “东突厥斯坦伊斯兰运动”，同年解体。1997年，艾山·买合苏木和阿不都卡德尔·亚甫泉纠集一伙东突分子，在境外恢复建立东伊运。该组织已于2002年9月11日被联合国认定为恐怖组织。
近年来，东伊运在境外建立基地、培训暴力恐怖分子，不断派人潜入中国境内，策划、指挥恐怖破坏活动。
东伊运与本·拉登“基地”组织系共生关系，在培训武装人员和暴力恐怖分子方面得到了阿富汗“塔利班”、本·拉登“基地”组织的大力支持。东伊运将其人员派遣至阿富汗“塔利班”武装、本·拉登“基地”组织的武装训练基地参加军事训练。在训练结束后多次派遣这些人员潜入中国新疆建立暴力团伙，进行爆炸、暗杀、投毒等暴力恐怖活动。
二、东突厥斯坦解放组织
“东厥解放组织”(又称东突民族党)，是东突势力中最具危害性的恐怖组织之一。其宗旨是通过暴力恐怖手段，在新疆建立“东突厥斯坦”。 1996年，东突解放组织在土耳其建立，总部设在伊斯坦布尔。其创建人为买买提明·艾孜来提，主要负责人有吾买尔·卡那提、多里坤·艾沙、吾布力·卡斯木等。