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12月13日，由重庆飞抵南京的蒋介石立即派人通知冈村宁次来陆军总部会见。上午9时半，冈村宁次按时到达，蒋介石面带微笑，对这位降将问候有加：
蒋介石(下称蒋)：“你身体健康吗?生活上如有不便，请勿客气地向我或何总司令提出，尽量给予方便。”
冈村宁次(下称冈)：“深感厚情，生活蛮好。”
蒋：“从何总司令处得悉，接收顺利进展，殊堪同庆。日本侨民有何困难，也请提出。”
冈：“目前没有，如发生困难，当即奉告。”
蒋：“中日两国应根据我国孙文先生之遗志，加强协作，实为至要。”
冈：“完全同意。”
以上这段话，出自冈村宁次的回忆录。冈村在回忆录中还说：“蒋委员长特意安排了这次会见，以好言相慰、和蔼近人，深感敬佩。”感激之余，冈村宁次匠心独具，专门为蒋介石、何应钦撰写了一篇《从敌对立场看中国军队》的军事论文，阐述国共军队的战略战术和作战特点，建议国民党军队如何利用共产党军队的弱点，采取特别战术予以应对。
设计逃脱国际军事法庭审判
1946年1月19日，驻日盟军统帅麦克阿瑟宣布，在东京设立“远东国际军事法庭”，审判日本战犯。冈村宁次被列为战犯，驻日盟军总部几次照会国民党政府，要求将冈村宁次遣送日本受审。冈村宁次自知罪孽深重，死刑在所难免，终日忧心忡忡。
为使冈村宁次免受远东军事法庭的审判，蒋介石召集军政要人商讨对策。几经斟酌，蒋介石最后拍板．借口遣返工作尚有许多事情未了，仍需冈村宁次留下处理。1946年10月，国民政府行政院决定：“冈村宁次大将不得归国，但不得拘留，仍以联络班长名义，配属参谋若干人，于当地生活。”
蒋介石肆意包庇对中国人民犯下滔天罪行的日本第一号战犯冈村宁次，激起举国共愤。中共《解放日报》、《新华日报》发表文章，予以无情揭露、鞭挞，其他报纸也同声响应。1946年12月29日《大公报》发表合众社延安17日电：“第一号日本战犯冈村宁次，对中国人民犯下烧杀掠夺等严重罪行，而蒋主席却待如上宾，为此正受到延安的责难。”
在舆论压力之下，蒋介石不得不把冈村宁次交付中国审判战犯军事法庭审判。但在公审之前，国防部王俊中将奉命透信给冈村宁次：“根据国际情况，远东国际军事法庭将您和松井太久郎列入战犯名单，但暂不归国受审。为了敷衍舆论，也可能移交军事法庭审理，但审判只是走走形式而已，毋庸挂虑。”
其间，远东国际军事法庭照会中国政府，要将冈村宁次引渡日本，出庭为受审的甲级战犯作证。蒋介石指示外交部，以冈村宁次身患疾病推托。1948年3月29日，冈村宁次经蒋介石特许，转赴上海疗养，被安排住进一所非常幽静的王宅，对外绝对保密，淞沪警备司部派出便衣军警，对王宅实行严格保护。
1948年7月7日，审判战犯军事法庭检察官发出传票，要冈村宁次于12日到庭接受预审。预审之后，为搪塞舆论，冈村宁次被“押送”高境庙战犯监狱。入狱后独居一室，给予特别优待。