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2004年9月,由于日本自民党在参议院选举以一席之差输给民主党,故请辞干事长职,但由于连同公明党执政联盟仍控制参议院,因此只被小泉降职为自民党干事长代理以及党改革推进本部长。
2005年10月31日,就任第三次小泉内阁官房长官。
2006年9月20日,当选为第21届自民党总裁。
2006年9月26日,就任第90届内阁总理大臣,成为日本战后最年轻的首相。在任期间,虽然外交上成功与邻国修复关系,并与中国建立战略互惠关系,惟任内争议不断,先后多名阁员因丑闻及失言辞职。
2007年7月29日,安倍晋三领导的自民党于参议院选举中大败,自民党立党五十二年来,第一次在参议院成为第二大党,首次失去参议院的控制权,给了安倍内阁很大打击,即使是之后8月27日安倍进行内阁改组,仍有多名阁员因丑闻及失言辞职,也无法挽回日益下滑的支持度。
2007年9月12日,突然宣布因健康理由辞去首相一职。
2007年9月25日,福田康夫组阁,翌日正式离任。之后因调养身体暂停政治活动,一年后重返日本政坛。
2009年8月30日,自民党在众议院选举大败,失去政权及第一大党地位,但他成功连任众议员,之后并无参加党总裁选举。
2010年10月31日,率领多名国会议员参访团搭乘台湾台北松山机场和日本东京羽田机场之间的新航线首航班机来到台湾访问,与总统马英九、前总统李登辉、民进党主席蔡英文等政要会晤,并前往台北忠烈祠参拜献花。
最新或2022(历届)年9月26日,经过两轮党内投票,当选第25届自民党总裁,成为首位回任的自民党总裁。
最新或2022(历届)年12月16日,自民党在众议院选举大胜赢回执政权,确定将再次出任日本内阁总理大臣。
最新或2022(历届)年12月26日,就任日本第96届内阁总理大臣。
最新或2022(历届)年7月21日,安倍晋三领导的自民党于参议院选举中胜出,自民党夺回参议院控制权。
最新或2022(历届)年12月26日,安倍晋三执政一周年之际,参拜靖国神社。