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2006年，内蒙古司法机构组织了专门的调查组复核此案。2007年1月1日，赵志红的死刑被临时叫停。
4年过去，此案仍在原地踏步，赵志红仍被羁押。
案件关键证据被“遗忘”
新华社内蒙古分社政法记者汤计，曾5次以内参形式报道呼格吉勒图案件疑点。
2006年底，就在最高法院收回死刑复核权的前12天，新华社内蒙古分社的“内参”得到了中央领导的重视。
曾经多次呼吁重审呼格吉勒图案的一位内蒙古政法系统重要知情人，向记者透露了更多内幕。
据其介绍，1996年“4·9”女尸案案发后，办案单位呼市公安局新城分局刑侦人员就已经在女尸的阴道内提取了分泌物（作案人的精液），按照最基本的刑侦破案规则要求，这种分泌物是应该、也是必须进行技术化验和分析的。遗憾的是，这个最有力的证据被时任办案领导“遗忘”了。
公检法当事人多已升迁
5月29日，长期关注此案的两名公安部刑侦技术专家杨承勋和吴国庆告诉记者，呼格吉勒图绝非凶手。
杨承勋说，赵志红落网后，他曾经亲自赶赴内蒙古对赵志红做了包括测谎、心理和精神鉴定等技术测定，最后的结果证实赵志红确系1996年“4·9”女尸案的真凶。
曾经多次对比过呼格吉勒图和赵志红卷宗的刑侦专家吴国庆，对此案发表看法时更加直言不讳：“我的态度很明确，我也多次向公安部和中央领导同志汇报过，一案不会有两凶，其中必然有一个是冤枉的。”
在谈到此案因何在赵志红落网4年后，法律程序却没有任何启动迹象时，吴国庆说：“现在这个事情已经反映到中央了，相关方面要求公检法三家给出意见，而公安机关的意见早已经明确，关键的问题在法院。”
“这个案件的事实部分早已经明确，不应该存在任何悬念。但是，如果按照法律规定进行，必然就有多名责任人被追究刑责和党纪政纪处分。而当年公检法三家单位的办案人都已经有了相应职务的调整，有的甚至已经升职或调迁，难度可想而知！”向记者提供笔录的内蒙古政法系统的那位重要领导，毫不隐晦地对记者说。
而今，距离呼格吉勒图被执行死刑已经13年。
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笔录证实并未“供认不讳”
即使在被枪决前一个月，呼格吉勒图也坚持自己无辜
5月27日，记者从内蒙古司法机关一位重要领导处得到一份13年前的笔录，该笔录显示，即使在被枪决前一个月，呼格吉勒图也坚持自己是无辜的。
该笔录制作于1996年5月7日晚上9时20分，询问人为呼市检察院检察官刘某和彭某。被询问人是同年6月10日下午2时被执行枪决的呼格吉勒图。
从时间上，1996年的5月7日应当是呼格吉勒图所涉嫌的“4·9”女尸案，经呼市公安局新城分局侦查完毕、移交检察院的一周后。
在这份共计7页、1500字的笔录中，呼格吉勒图数次表示：“今天我说的全是实话，最开始在公安局讲的也是实话……后来，公安局的人非要让我按照他们的话说，还不让我解手……他们说只要我说了是我杀了人，就可以让我去尿尿……他们还说那个女子其实没有死，说了就可以把我立刻放回家……”