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一是违背了管理科学的层级原理。
按照管理科学的要求，每个机构内必须设置一定的层级，设计组织管理层次和控制幅度一定要适度，控制幅度应以管理事务的难易程度为前提，要考虑管理者的水平和管理手段以及管理对象的素质等因素，才能最大限度地调动积极性，保持机构的效率、活力和良性的运转，否则就会出现能力的内耗和效率的降低。
二是增加了财政负担。
超职数配备领导干部不仅要多出支出工资，而且要多支出比一般干部高得多的房子、车子以及医疗、出差、出国等费用还要相应配备秘书、司机等，每个领导干部配一部车，办公室有专用电话、空调、电脑，发放手机费、水电费、招待费、车贴等各种补贴，无形中增加了许多开支，增加了行政成本，使本身促襟见肘的财政雪上加霜。全国近3000个县级行政区，若每个县政府超额配备2名县领导，就将多出近6000名“县官”；若党委系统也同样超额配备2名县领导，则全国将多出12000名“县官”，如果每名县领导的工资、用车、办公等经费，一年以10万元计，起码要多消耗12亿的财政收入，真是触目惊心。
三是扰乱了机构编制管理秩序。
超职数配备领导干部客观上造成了超编进人，混岗混编，编制部门核定的编制形同虚设，超编进人，超职数配备领导干部，借调或聘用临时工屡见不鲜，给党政机关事业单位带来了很大的冲击。如我县的党政机关、事业单位超编222名，消化超编工作任务艰巨。
四是违反了《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》。
在《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》第五章第26条第五款擅自超职数、超规格配备领导成员的；第六款违反规定干预下级人民政府行政机构的设置和编制管理工作的，由机构编制管理机关给予通报批评，并责令限期改正；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。
五是降低了党政机关工作效率。
超职数配备领导干部实质上就是多了管事的，少了干事的，稀释了原有领导班子成员的权力，人为地收窄领导班子成员的管理幅度，导致领导干部工作量不饱和，出现管理过细，向下侵蚀中层干部的管理边界问题，不同程度地增加了“一把手”组织协调的难度，容易滋长内耗。
六是助长了腐败的发生。
超职数配备领导干部，往往与突出提拔领导干部有关，是产生买官卖官的温床。超职数配备领导干部，是对核定职数政策法规的践踏，是权大于法的表现。超职数配备领导干部，助长了官本位思想和官僚主义，甚至产生腐败现象。
七是损害了党和政府的形象。
领导干部越多，行政执行力越分散，造成下级和群众无所适从，降低行政机关的权威，不利于树立立党为公、执政为民的良好形象。
八是导致了干部队伍结构畸形变异。
由于机构编制部门核定编制数是不能突破的，一个单位领导职数多了，办事人员自然就少了，出现了领导占用办事员编制、领导做办事员的工作的现象，甚至出现了在某地某部门7个行政编制，7个领导干部，出来办事的全是领导干部的笑谈。本来应该在岗位履职的却去服务领导了，该干的工作没人干，搞得单位不是横向充实，就是纵向调整，由于超编，不能及时补录办事员，年轻的干部和所需要专业技术人员又进不能来，单位需要人做事，不得不聘用临时工或借调，造成人员编制迅速膨胀的恶性循环，改变了干部队伍年龄梯形结构，导致干部队伍结构不合理，动摇了干部的思想，扰乱了行政秩序，影响了服务效能，增加了行政成本。