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弹道导弹和巡航导弹最大的不同在于他们的弹道。弹道导弹装的是火箭发动机，主要靠规定的抛物线，即弹道飞行，中远程导弹会再入大气层以获得更大的动能，十分难以拦截，近程导弹在大气层内部飞行。道道导弹的末段速度非常快，甚至能超过20倍音速。
巡航导弹是一种靠空气发动机产生推力，依赖导弹的气动布局产生升力，在大气层内部长时间匀速飞行的导弹，又称飞航式导弹。巡航导弹的弹道是可变的，既可以根据制导途中的数个数据点实现变轨，也可以根据地形匹配、卫星定位等手段变轨。大部分巡航导弹为亚音速，少数是全程超音速巡航；有的巡航导弹只在末端超音速飞行，以亚音速做中距巡航。
在攻击方式上，弹道导弹是一个高高的抛物线，类似于炮弹的弹道，故得名弹道导弹；而洲际弹道导弹只把弹头送上太空，弹头运动到目标上方后再砸下来。巡航导弹可以贴着海面、地面飞行，就像普通的飞机一样。
从载弹量来看，一般来说，弹道导弹的重量、体积、动力都比巡航导弹大的多，载荷自然也比巡航导弹大得多。且弹道导弹拥有搭载多枚弹头攻击多个目标的能力，巡航导弹则很难做到。
另外，这两种导弹在执行任务上也有区别。弹道导弹都是作为战略武器使用，打击敌人的大中城市。在上世纪50年代有核武器之后，它就主要作为核武器的运载工具。也就是说，它可以打击敌人的大中城市，但是带的是常规弹头，在非核战争的情况下，用这些导弹可以打击敌人纵深的指挥所。但是，巡航导弹打击精度比较高，美国第一批服役的巡航导弹，精度在30米以内。现在的巡航导弹精度一般都在10米以内，现在各国的巡航导弹，都能达到米级的精度。