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当日本战败已成定局的时候，日本军部不是反省自己的罪行，而是研究起如何而毁灭731部队的证据来。当时的日本陆军参谋部作战科总长朝枝繁春奉命会见石井四郎，摒弃对他下达日本陆军部的决定。已经解密的朝枝繁春录音是这样说的：“请贵部永久地从地球上消失，并请完美地将所有证据毁灭掉”。
对年后，有良心的日本作家青木富贵子写了一本书，书名就叫《731——石井四郎及细菌战部队揭秘》，那里面记录了这样的细节：朝枝繁春命令731部队全体解散，让部队成员尽早返回日本本土，所有证据物品都必须永远地从地球上消失得无影无踪；调一个工兵中队，携带五吨炸药将所有的设施炸毁；“马路大”必须用电动机加以处理，再放进贵部锅炉内焚烧，然后将其骨灰等投入松花江冲走。
石井四郎下令炸毁所有建筑，屠杀了所有被关押的所有人员之后，又把用于细菌繁殖的所有老鼠、跳蚤、黄鼠狼全部放出，给哈尔滨平房（今平房区）的二十二个县造成了大规模的瘟疫，死亡不计其数。前些年国内施工人员还不时挖出他们埋藏的细菌武器而被感染，前几年播出过一个名叫《一级恐惧》的电视剧，就是来源于真实事件。
当年731部队在世界很多地方都有分部，石井四郎给他们的命令是统统自杀。比如石井四郎的女儿石井春海就证实石井四郎曾给731部队新加坡分部的队长增田知贞打电话：“队长，请你自杀，也请把你的家人都杀掉，并把所有证据毁灭。”
石井四郎要求部下全部自杀，自己却跑回了日本本土，在报纸上发了一条“石井四郎已经死亡”的声明，还让老家给自己举办了一场“葬礼”。然后就隐姓埋名在新宿开了一家叫“邦邦女郎”的艺妓馆，专门为美国大兵服务。
但是美国人也不是吃素的，早在1941年就盯上他了，当然美国人盯上的不是731部队的暴行，而是他们的“技术”和“科研成果”。
1945年8月30日，驻日盟军最高司令官麦克阿瑟飞到厚木机场，下飞机的第一句话就是：“石井中将（请注意麦克阿瑟用的是尊称）在那里？”
麦克阿瑟找石井四郎要干嘛，现在人用脚后跟也能想到。
但是很多人不知道的是，当年美国已经投入四千万美元（美元现今已经涨了十倍），在马里兰州设立了一个秘密的生化武器研究基地——德特里克堡，主持研究的就是美国威斯康辛大学的艾拉鲍德温博士。连当时的美国总统罗斯福，都认为艾拉鲍德温甚至比研究原子弹的奥本海默的作用还要巨大。但是艾拉鲍德温一直研究不出可以用于实战的细菌武器，于是他们才想到了有“成功经验”的石井四郎。
美军情报局挖地三尺，先是挖出731部队的二号人物内藤良一，然后又挖出了石井四郎的藏身之地。石井四郎的部下一看石井四郎要落网，赶紧也给他送去了一瓶氢氰酸毒药：“队长，你自杀吧，连老婆孩子一起杀掉！”
可是下达了无数让部下自杀命令的石井四郎，这时候却怂了，乖乖地向美军投案自首。
狡猾的石井四郎知道他手里有跟美军谈判的筹码：记录着731部队技术的胶卷。
于是在1947年，石井四郎和麦克阿瑟在一个肮脏的镰仓酒馆达成了一个更肮脏的秘密协议：石井四郎手下仅与美国人进行全面共同研究，美国提供建立细菌战实验室所需经费，日本研究人员将受到绝对保护，免于追究战犯罪责，允许主要研究人员前往美国……
当时的苏联人也不甘落后，要求把石井四郎抓到苏联审讯，实际是也要分一杯羹，可是美国人说：你要审问石井四郎也可以，但是要在石井四郎家里审，而且还得有美军方面的人全程监控。结果可想而知，有美国大老板后台撑腰，石井四郎死猪不怕开水烫，苏联人空手而归。
正是在麦克阿瑟的保护下，所有的731部队成员，一个也没有被审判，他们在战后继续从事罪恶的研究，有的还摇身一变，成了日本大公司的高层，比如那个“绿十字”公司，居然有六个董事是从731部队的出来的。
石井四郎虽然逃过了战争审判，但是最后上天并没有放过他，他得了喉癌，活活憋死，死前一句话也说不出来……