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一是规划局或者规划委员会。这是法定部门，城市里的违章建筑由它来管。
二是城市管理综合行政执法局。也就是大名鼎鼎的城管，城管有没有权利来管违章建筑，主要看它是否得到省级政府的授权，比如北京，城管部门是得到北京市政府的授权的，所以那个有名的人济山庄的违章建筑就是城管要求限期自行拆除的。
三是乡、镇人民政府。它的执法范围是乡、村庄规划区范围内，简单讲就是在农村的违章建筑由它来管。
除了上述部门，其他部门都没有权利查处违章建筑。实践中有国土局或者国土所、住房和城乡局、房管局等来查处违章建筑的，这是错误的。
第二步，调查程序
在调查中，应当注意以下几点：
第一、调查人员不得少于2个人。
第二、调查人员要主动出示执法证件。有两个作用：一是调查人员必须具备执法资格;二是防止没有执法资格的人冒充执法人员进行执法活动。在实践中，很多地方得执法人员在调查时往往是不出示执法证件的。面对这种情形，建议被处罚的人可以主动要求他们出示证件，并记录下他们证件上的相关信息(比较重要的信息有姓名、编号等)，这样方便日后维权。
第三，在被询问以及在签署笔录时要谨慎。一是不要害怕，绝大部分拆迁户一见到政府人员询问或是调查就吓个半死，这是十分要不得的，因为在恐惧和害怕中往往会出错。二是不该说的不要说，实践中有些执法人员会用威逼利诱的手段让你说一些方便他们调查的话，比如如果你不老实交代会从严处理等等。三是在笔录上签字要小心谨慎。在行政执法中，常见的笔录有《现场检查笔录》、《现场勘验笔录》《调查笔录》，执法人员让你签字时，你一定要看清笔录上的内容，如果发现内容与你说的或者与事实不符时，一定要求他们修改，执法人员嫌麻烦不愿意修改的话，建议你就不要签字。如果你确认笔录没有问题你要签字的话，要注意：一是笔录如果是几页纸的话，你一定要每页都要签字;二是在最后签字的时候一定要顶着笔录的内容签字不要留太大的空间，以防止他们事后背着你再添加内容;三是不要忘了写上日期。
第三步，决定程序
第一、告知，听取陈述、申辩
这个主要是保证被处罚人的知情权、陈述权、申辩权。执法人员在作出处罚决定前，一般会书面告知被处罚人行政处罚的事实、理由和依据。被处罚人有权陈述、申辩，如果执法人员拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立。
第二，听证
听证是指行政机关实施行政处罚过程中，在作出决定前，由非本案调查人员主持，听取调查人员提出当事人违法的事实、证据和行政处罚建议与法律依据，并听取当事人的陈述、举证、质证和申辩及意见的程序活动。《行政处罚法》第四十二条规定，行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利;当事人要求听证的，行政机关应当组织听证。当事人不承担行政机关组织听证的费用。
对于听证程序，建议被处罚人还是要重视一下不要错过这个程序。错过这个程序，虽然可以在这之后的比如行政复议、行政诉讼程序中得到救济。但我建议你还是不要错过听证