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保护我国南部疆土水下文化遗产的完整，是我们维护、捍卫海权和领土完整的一部分。30年前，一群中国的考古学家以实际行动验证了这一真理。
1974年3月至5月，广东省博物馆和海南行政区文化局的文物考古队员，乘坐渔船开赴西沙群岛，在人民解放军驻岛部队和广大渔民的支持下，对西沙群岛进行了新中国成立以来第一次考古调查。
这次考古调查有着特殊的背景。上世纪50年代后期，南越当局先后侵占了永乐群岛的珊瑚岛、甘泉岛、琛航岛和金银岛，公然向中国提出领土请求。之后，围绕中国南海诸岛的纷争一直不断。1974年1月，中国海军南海舰队对入侵西沙永乐群岛海域的南越军队进行了自卫反击作战。
在这样的背景下，广东省博物馆和海南行政区文化局的文物考古队员，先后于1974年和1975年对西沙群岛的多个岛屿展开了考古调查，在甘泉岛西北端发现了唐宋两代的居住遗址，证明西沙群岛自古就是中国领土。
1998年12月18日-1999年1月24日，中国历史博物馆水下考古学研究室和海南省文物管理办公室联合组成西沙群岛水下考古工作队，对西沙群岛水下文物进行了调查。此次调查以北礁为主，发现3处沉船遗址和5处水下文物遗存;永乐环礁一带则有石屿一号沉船遗址、曲手顶一号地点和银屿的3处文物遗存;华光礁发现1处南宋时期沉船遗址，因受破坏严重，而对其做了抢救性试掘。
2007年3月，中国国家博物馆水下考古研究中心联合海南省文物局，对华光礁一号沉船遗址进行了全面的大规模考古发掘。发掘期间，对华光礁、北礁、玉琢礁海域还做了水下考古调查，在华光礁、北礁各发现2处水下遗存。2008年12月，在对华光礁一号沉船遗址第二次发掘期间，又发现1处水下铁炮遗存，共有4门，打捞其中1门。
2009年5月，中国国家博物馆水下考古研究中心与海南省文物局合作，开展了西沙群岛海域文物普查工作，对永兴岛、东岛、浪花礁、玉琢礁、七连屿一带海域进行了水下考古调查，发现了11处水下文化遗存。
2010年4-5月，中国国家博物馆再次组织西沙群岛水下考古调查项目，继2009年西沙群岛海域宣德群岛之后再次开展大规模水下考古调查工作，此次调查主要在永乐群岛进行，包括华光礁、北礁、盘石屿、银屿、石屿、珊瑚岛等岛礁，还调查了宣德群岛的赵述岛、浪花礁。该年度调查了42处水下文化遗存，新发现遗址32处，取得了丰硕成果。其中，北礁海域调查的27处遗址中，新发现地点达19处，包括3处沉船遗址和15处水下遗物点。调查工作中，还进行了出水文物的初步保护与整理，规范了各类遗迹、遗物的记录，这既保证了水下考古工作的科学性与规范性，又加深了对所发现遗存的认识。此次调查的42处水下遗存，其时代跨度大，涵盖了北宋至清代各个时期，以北宋晚期至南宋早期、元代、明代中期、明代晚期、清代中晚期几个阶段的遗存尤为集中。在这些水下遗址中，发现并出水了一大批瓷器、碇石、石建筑构件、铜钱等各类遗物标本。例如，北礁19号水下遗存，采集到“皇宋通宝”、“熙宁重宝”、“元丰通宝”、“崇宁重宝”、“洪武通宝”、“永乐通宝”等铭文铜钱数枚。尤为重要的是，石屿二号沉船遗址发现的元代青花瓷器，这是我国水下考古工作中首次发现元青花，弥足珍贵。
2011年4月下旬至5月下旬、最新或2022（历届）年4月至5月，为保护西沙水下文化遗产，中国国家博物馆与海南省文物局、海南省西南中沙群岛办事处合作，组成西沙群岛水下文化遗产执法巡查工作队，开展了西沙群岛海域水下文化遗产保护状况巡查和文物执法督查工作期间，对华光礁、盘石屿、玉琢礁、石屿、银屿、七连屿、北礁等海域的水下文化遗存保护状况进行水下考古调查与执法巡查工作。巡查中所见水下文化遗存，大部分遭到不同程度的盗掘，如盘石屿一号、二号沉船遗址，石屿二号、三号沉船遗址，银屿发现的沉船遗址和遗物点，盗掘现象十分严重，中心区域多数被盗掘一空，令人痛惜。