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在陈云看来，毛泽东是中国革命的旗帜，是党、军队和人民的领袖，这是中国革命和建设历史选择的结果。因此，“文革”结束以后，陈云强调对毛泽东的评价不仅是中国的问题，也是世界的问题。他为《关于建国以来党的若干历史问题的决议》的起草和通过提出了关键建议，为科学评价毛泽东和毛泽东思想作出了重大贡献。陈云之所以能够科学评价毛泽东和毛泽东思想，在于他始终坚持运用马克思主义的立场、观点和方法，坚持实事求是的原则，采取对历史负责任的态度。
陈云与毛主席的“恩怨”，陈云晚年对毛主席评价：
1956年9月13日，中共七届七中全会第三次会议在北京召开，会上，陈云与周恩来、刘少奇、朱德一起被推举为中共中央副主席候选人。对于陈云这个候选人，毛泽东给出了这样的评价：“陈云同志，我看他这个人是个好人，比较公道、能干，比较稳当，他看问题有眼光……不要看他和平得很，但他看问题尖锐，能抓到要点。所以，我看陈云同志行。”
然而此后不久，在经济建设速度上，稳当的陈云与求快的毛泽东之间产生了分歧，陈云遭遇到其财经生涯中极为困难的一段时期。
“能人”陈云反冒进
陈云有很多个称号：红色掌柜、中共财经第一人、开国财头，等等，其中最引人瞩目的当属“能人”这个称号，因为这是毛泽东亲笔封的。之所以称为能人，是源于建国初期陈云打了一场漂亮的经济仗。
刚解放时，一些怀疑共产党治理能力的人说：“共产党马上得天下，不能马上治天下”，甚至有资本家叫板说：“共产党打仗100分，政治80分，管经济只能是0分”。
的确，开始执政的共产党，面对的是物价飞涨、满目疮痍的烂摊子。全国金融中心上海，一些不法奸商操纵市场，囤积居奇、哄抬物价。此时，被上海资本家视为“ 土包子”的共产党，把陈云派往上海坐镇。
陈云是处理麻烦的能手，不管是在陕甘宁边区，还是在东北解放区，陈云在复杂形势面前总能妥善应对。走马上任后，陈云采取强硬手段，查封证券大楼，严惩银元贩子，平息银元风波。为应对投机商的囤积居奇，陈云打响“ 两白一黑”之战，仅仅几天就让投机商赔得血本无归。有人说，陈云的招太狠，陈云却说：“不这样，就天下大乱。”
不到几个月的时间，陈云就平抑物价，安定了人心。毛泽东大喜，说陈云的功绩“不下于淮海战役”，还提笔写了个“ 能”字。
陈云是搞经济的“能人”，尽管在党内排名第五，但论做经济工作，谁也不敢跟他争第一。毛泽东说陈云有眼光，看问题能抓到要点。确实如此，当中国经济步入正轨后，陈云又看出了其中的问题。
在陈云主持的第一个五年计划进行到第三个年头，1955年，毛泽东嫌农业合作化速度太慢，指责某些干部是“小脚女人”。之后，各地的经济建设指标大幅度提速。
当“冒进”开始在1956年出现时，引起了陈云的高度警觉。1956年底，在国务院常务会议上提出，针对冒进，作为中央财经委负责人的陈云警告说：“现在马跑得很危险。这样骑下去，后年、大后年更危险。明年要削减投资……哪些东西不搞就是不搞。有些问题，没有把握宁可慢些。”他明确表示“ 实事求是不是小脚女人”。
陈云是个务实的人，多年主管经济，他深知建设规模要和国力相适应，“建设的规模超过国家财力物力的可能，就是冒了，就会出现经济混乱。”这些话后来看，未雨绸缪，句句在理，但当时听起来却十分刺耳。