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1988年9月27日，昂山素季组建了自己的、也是缅甸人民的政党——缅甸全国民主联盟，并出任总书记。民盟很快发展壮大，成为全缅最大的反对党。1989年7月20日，军政府以煽动骚乱为罪名对昂山素季实行软禁，她拒绝了将她驱逐出境而获自由的条件。
1990年5月，缅甸举行大选，昂山素季的政党“全国民主联盟”赢得了绝对优势，赢得了议会四百九十五个议席中的三百九十二席。在正常情况下，她应该成为国家总理，但是，军政府对大选的结果不予承认，宣布民盟为非法组织，继续监禁昂山素季。军方组建了“恢复国家法律和秩序委员会”来掌握政权，后来又将其改名为“国家和平与发展委员会”。同年昂山素季被授予萨哈罗夫人权奖。
1991年，昂山素季获得了诺贝尔和平奖。她无法亲自前往挪威领奖，只好让儿子代替自己发表了答词。这份答词中引述了昂山素季的名言：“在缅甸追求民主，是一国民作为世界大家庭中自由与平等的成员，过一种充实全面、富有意义的生活的斗争。它是永不停止的人类努力的一部分，以此证明人的精神能够超越他自然属性的瑕疵。”她将诺贝尔和平奖的130万美元奖金交付信托，用于缅甸人民的健康与教育工作。
1994年10月21日，联合国下属有关机构在菲律宾召开“文化与经济发展关系”国际研讨会，被缅甸军政府软禁的昂山素季寄去一篇论文，由菲律宾前总统科·阿基诺夫人在会上代为宣读，文章尖锐地驳斥关于发展中国家“应该经济先走，民主缓行”的观点；指责许多当权者不分青红皂白，将民主运动与要求落实人权问题一概说成是受西方意识形态影响而加以否定；呼吁联合国重视和支持发展中国家特别是贫穷落后国家的民主运动和人权问题。这篇演讲也在整个亚太地区造成了很大的轰动效应。
1995年7月间昂山素季被释放，然而她很清楚，一旦离开缅甸赴英国探视家人，她很有可能永远不能再次回到缅甸。结果她选择留下，从此再也没有机会与她的丈夫见面。
1996年她被指煽动学生示威再度被软禁。
1998年7月，缅甸军政府禁止她与缅甸全国民主联盟成员会面。
1999年3月27日昂山素季的丈夫在伦敦因患前列腺癌逝世。缅甸军政府批准她出国奔丧，但她拒绝。
2000年9月，昂山素季因违反军方禁令，欲前往北部城市曼德勒再次遭受软禁。
2000年10月，昂山素季与缅甸军政府秘密展开对话。
2002年5月6日，遭缅甸军政府软禁19个月后，获得一次短暂释放。
2007年5月27日，原本是她软禁令届满的日子，按道理她应该能够自由地走出家门，与民众接触，但是缅甸军政府提前2天到她的住所，通知她软禁期将继续延长。
2009年5月，美国男子约翰·耶托（John Yettaw）泅水进入被软禁的昂山素姬湖边住所，在逗留3晚后循原路试图游回市中心时被保安发现，当场被捕。事后，缅甸军政府以昂山素姬违反软禁法为由，将昂山素姬投入仰光永盛监狱，并进行司法审判。此事在国际社会引起巨大反响，人们普遍将这场审判视为缅甸军政府的一个蓄意阴谋，意在把昂山素姬关押到预定于2010年举行的大选之后。各国关于释放昂山素姬的呼声此起彼伏，但缅甸军政府不为所动。
2009年7月初，联合国秘书长潘基文访问缅甸，希望说服缅甸军政府释放包括反对派领袖昂山素季在内的 200名政治犯，但是，缅甸军政府以避免干涉缅甸司法程序为由拒绝了潘基文同昂山素姬的会晤。潘基文对此曾经深表失望。
2009年8月11日，缅甸一家法院裁定昂山素姬有罪，称她违法了缅甸国内安全法律，裁决昂山素季入狱服刑3年，但随后根据军政府的命令，改为在家软禁18个月。