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事实上，自最新或2022（历届）年奠基后，小南海电站因为环评未过关而被搁置，而数家民间自然保护组织表达发对意见，成为了阻碍该电站开工的重要原因之一，其理由是：小南海电站的修建，将严重阻碍数十种长江珍惜鱼类的繁衍。
此外，四川省的泸州市和宜宾市亦是反对方，由于两市位于长江上游，其担忧一旦小南海电站建成，将影响到长江航道四川段的通航能力。
但重庆方面却认为，小南海电站可以缓解重庆电力供应紧张的现状，是必须推动的项目。公开信息显示，工程计划总投资约320亿元，电站装机200万千瓦，是重庆投资最大、装机规模最大、发电量最大的水电项目。
但随着环保部的一纸批文，重庆或许再无“小南海”。
四川为什么强烈反对重庆建小南海水电站？
四川方面已经就重庆小南海水电站项目表达了“反对”意见。
其中主要的反对方，是和重庆“一衣带水”的泸州和宜宾市。泸州市长刘强认为，小南海工程将造成泸州港区泥沙淤积，使得泸州港成为“死港”。宜宾市市长徐进亦表达了同样态度。
不过上述言论是两位市长在参加全国两会人大两会小组讨论时表达的，会后刘强拒绝了海纳小分队进一步采访的意见，仅表示“在会上说说便好，不愿进一步公开矛盾”。
公开资料显示，长江小南海水电工程位于重庆市巴南区中坝岛，工程计划总投资约320亿元，电站装机200万千瓦，若项目建成，将成为重庆投资最大、装机规模最大、发电量最大的水电项目。
重庆至该项目起始，便表达了积极推动意愿。最新或2022（历届）年小南水电站“三通一平”奠基仪式上，黄奇帆等众重庆领导到场。但此后该水电站并未实质开工，而是被环保部紧急叫停，至今仍未有后续进展曝出。
但重庆仍在推进小南海工程。目前受该工程影响的九龙坡区、江津区、巴南区正在进行移民安置规划报告编制工作。
据国内媒体报道，整个小南海水电站的建设争议持续了十多年，最根本的争议是项目将人为分割长江上游珍稀特有鱼类国家级保护区(重庆段)，影响长江珍稀特有鱼类的繁衍生息。
“修建小南海水电站最直接的影响是，阻断了坝下18公里实验区与坝上鱼类保护区其他江段的联系，削弱了三峡水库对保护区鱼类的补充作用;间接影响则是坝上将形成47公里的水库淹没区，河流型生态环境将向水库型生态环境转变，该江段的原有功能将会发生一定的改变。”
重庆方面认为，小南海工程建设将缓解电力紧张局面、改变川江河段航道条件、减少主城港区泥沙淤积，解决渝西地区工程性缺水问题。
但四川方面却有不同声音，因为随着长江经济带规划的出台，四川有意在重庆港上游新建“长江上游航运物流中心”，并希望获得国家认可，其目的是联合泸州和宜宾港的力量，增强四川在内河港口上的优势。
但该航运物流中心并未获得国家的认可，但宜宾市市长徐进却对海纳小分队表示，无论国家是否认可，该中心依然将会继续进行下去。
但是在四川积极建设该航运物流中心的同时，最关键的阻碍来自于泸州至重庆航道的暗礁险滩较多，目前泸州方面正在积极的测算用爆破方式疏通河道的可能性。