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金正日在黄长烨叛逃后大骂：“黄长烨是猪狗不如的叛徒”。2010年4月5日朝鲜媒体对黄长烨发出威胁，声称“谁也不能保障他不会出现问题。”并指出“黄长烨在美国演讲中抨击朝鲜政治体制，严重污辱了朝鲜的尊严。”还把黄长烨指责为“背叛民族的犯罪分子”、“精神病患者”。2010年4月，韩国表示破获了朝鲜计划刺杀黄长烨的阴谋，并逮捕了两名冒充脱北者的朝鲜间谍。黄长烨生前一直被金正日派的刺客追杀，韩国对他进行人身安全的保护。
2010年10月10日，早上九点三十分许，黄长烨在汉城江南区住家被人发现在浴室浴缸内断气身亡，据警方判定为心脏麻痹原因之自然死亡。