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（二）强化县级卫生等部门的管理职责。县级卫生行政部门要将乡村医生和村卫生室纳入管理范围，对其服务行为和药品器械使用等进行监管。要建立健全符合村卫生室功能定位的规章制度和业务技术流程，组织乡村医生培训。要科学划分乡镇卫生院和村卫生室的职能分工，合理分配基本公共卫生服务任务量，加强绩效考核。考核结果在所在行政村公示，并作为财政补助经费核算和对在村卫生室执业的乡村医生进行动态调整的依据。县级卫生、财政、价格等部门要加强对乡村医生和村卫生室补助经费使用的监管，督促其规范会计核算和财务管理，公开医疗服务和药品收费项目及价格，做到收费有单据、账目有记录、支出有凭证。
（三）加强乡镇卫生院对村卫生室的业务指导和管理。鼓励各地在不改变乡村医生人员身份和村卫生室法人、财产关系的前提下，积极推进乡镇卫生院和村卫生室一体化管理，由县级卫生行政部门委托乡镇卫生院对乡村医生和村卫生室进行技术指导、业务和药品器械供应管理以及绩效考核。乡镇卫生院要通过业务讲座、例会等多种方式加强对乡村医生的业务指导，对乡村医生及村卫生室药品器械供应使用和财务管理进行日常监督，在县级卫生行政部门统一组织下对乡村医生及村卫生室的服务质量和数量进行考核。
（四）提高村卫生室信息化水平。将村卫生室纳入基层医疗卫生机构信息化建设和管理范围，充分利用信息技术对其服务行为、药品器械供应使用加强管理和绩效考核，提高乡村医生及村卫生室的服务能力和管理水平。根据村卫生室的功能定位设计有关软件，建立统一规范的居民电子健康档案，实行乡镇卫生院和村卫生室统一的电子票据和处方笺。
五、将村卫生室纳入相关制度实施范围
（一）在村卫生室实施基本药物制度。将村卫生室纳入基本药物制度实施范围，执行基本药物制度的各项政策，实行基本药物集中采购、配备使用和零差率销售。在村卫生室执业的乡村医生要全部使用基本药物，基本药物由乡镇卫生院负责供应。
（二）积极将村卫生室纳入新农合门诊统筹实施范围。将符合条件的村卫生室纳入新农合定点医疗机构管理，并将村卫生室收取的一般诊疗费和使用的基本药物纳入新农合支付范围，支付比例不低于在乡镇卫生院就医的支付比例。要充分发挥新农合对乡村医生、村卫生室医疗费用和服务行为的监管作用。鼓励地方结合推进新农合门诊统筹，同步开展新农合支付方式改革，探索按人头支付、总额预付等多种支付方式，利用支付政策引导乡村医生和村卫生室转变服务行为，提高服务质量。要加强对新农合支付村卫生室诊疗和药品费用的监管，防止虚开单据，骗取套取新农合资金。
六、完善乡村医生补偿和养老政策
（一）健全多渠道补偿政策。根据乡村医生提供服务的数量和质量多渠道予以补偿。
对乡村医生提供的基本公共卫生服务，主要通过政府购买服务的方式进行合理补助。县级卫生行政部门根据乡村医生的职责、服务能力及服务人口数量，明确应当由乡村医生提供的基本公共卫生服务具体内容，并合理核定其任务量，确保与其功能定位和服务能力相适应。根据实际工作量，将相应比例的国家基本公共卫生服务经费拨付给乡村医生，不得挤占、截留或挪用。
对乡村医生提供的基本医疗服务，主要由个人和新农合基金进行支付。各地要按照《国务院办公厅关于建立健全基层医疗卫生机构补偿机制的意见》（国办发〔2010〕62号）要求，合理制定村卫生室一般诊疗费标准以及新农合支付标准和办法。在综合考虑新农合基金承受能力和不增加群众个人负担的前提下，充分发挥新农合对乡村医生的补偿作用。
村卫生室实施基本药物制度后，为保证在村卫生室执业的乡村医生合理收入不降低，各地要综合考虑基本医疗和公共卫生服务补偿情况，采取专项补助的方式对在村卫生室执业的乡村医生给予定额补偿。可以按照服务人口数量或者核定后的乡村医生人数制定补助标准，补助水平与对当地村干部的补助水平相衔接。具体补偿政策由各省（区、市）政府结合实际制定。