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疑点2：“铁证”血样究竟何来？
一位在“4·09”女尸案案发后第一时间赶到现场的警察表示，他勘验了案发现场，现场比较简单，没有打斗痕迹，受害者身上没有伤口。因不是具体经办人，他没再过问此案。但案发后不久一天晚上，他在公安局加班，听到局长在办公室大声喊隔壁的办案民警，让他们去剪呼格吉勒图的指甲，当时就不理解，因为现场勘查没发现受害者身上哪块破了。
这位警察之后从当地媒体上看到了有关呼格吉勒图指甲的文字。经查实，该报道刊登在1996年4月20日的当地晚报上：“为了证实呼格吉勒图交代的真实性，由分局刑警队技术室对他的指缝污垢采样，进行理化检验。市公安局技术室和内蒙古公安厅进行了严格的科学的鉴定。最后证明呼格吉勒图指缝余留血样与被害人咽喉处被掐破处的血样是完全吻合的。杀人罪犯就是呼格吉勒图。”这位警察介绍，这是呼格吉勒图案不多的“铁证”之一。但他说，自己当初就在案发现场，没有发现受害者身上有伤口、或者破损的地方。
呼和浩特晚报刊登侦破记
疑点3：笔供真的“供认不讳”了吗？
呼格吉勒图被抓后，当地媒体以公安机关为单一消息来源的报道中均称，呼格吉勒图其对案件“供认不讳”。
1996年的笔录显示，即使在被枪决前一个月，呼格吉勒图也坚持自己是无辜的。该笔录制作于1996年5月7日晚上9时20分，询问人为呼市检察院检察官刘某和彭某。被询问人是同年6月10日下午2时被执行枪决的呼格吉勒图。
从时间上，1996年的5月7日应当是呼格吉勒图所涉嫌的“四九”女尸案，经呼市公安局新城分局侦查完毕、移交检察院的一周后。
在这份共计7页、1500字的笔录中，呼格吉勒图数次表示：“今天我说的全是实话，最开始在公安局讲的也是实话……后来，公安局的人非要让我按照他们的话说，还不让我解手……他们说只要我说了是我杀了人，就可以让我去尿尿……他们还说那个女子其实没有死，说了就可以把我立刻放回家……”
在叙述“当晚自己的犯罪事实”时，呼格吉勒图做了如下陈述：“我当晚叫上闫峰到厕所看，是为了看看那个女子是不是已经死了……后来我知道，她其实已经死了，就赶快跑开了……她身上穿的秋衣等特征都是我没有办法之后……猜的、估计的……我没有掐过那个女人……”
笔录显示，询问人对呼格吉勒图使用了“你胡说”等语言。显然，这份笔录并未引起检察机构的重视。而在随后的法院审理中，检察官指控吉勒图就是杀人凶手。
高院再审
最新或2022（历届）年11月20日，内蒙古自治区高级人民法院立案庭庭长暴巴图代表高院向呼格吉勒图父母送达立案再审通知书，呼格吉勒图案进入再审程序。
聂树斌，男，1974年11月6日出生，汉族，河北省鹿泉市下聂庄村人，原鹿泉市综合职业技校校办工厂（鹿泉市冶金机械厂）工人。1994年10月1日，聂树斌被刑事拘留；1995年，因被怀疑故意杀人、强奸妇女被判处死刑，剥夺政治权利终身。2005年，王书金承认自己为“聂树斌案”的真凶。最新或2022（历届）年9月27日，河北省高级人民法院裁定王书金非聂树斌案真凶，驳回王书金上诉、维持原判。