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有人认为，根据疑罪从无原则判定的无罪案件，并不一定就是事实上的冤案。念斌案不是佘祥林案，也不是赵作海案。“那两个案子都是因为死者死而复生，而确凿无疑地属于冤案。而念斌案仅仅是证据不足，事实不清”。
时事评论员破破的桥（笔名）在接受笔者采访时表示：有人认为现有的证据不能完全排除念斌投毒杀人的可能，而我认为能完全排除。
破破的桥表示，警方以毒物检验报告为核心，推理作案者为念斌，甚至为了证据与结果相符而修改了相关证据。“但现在，警方推理的核心被证明并不存在，且可能是由一次实验污染所致”。
中国政法大学诉讼法学研究院教授吴宏耀在接受笔者采访时表示，此案从法律上讲，确实由于控方证据不足而导致疑罪从无。虽然念斌案仍未找到真正的凶手，但该案件有其特殊之处，可以判定为冤案。
吴宏耀认为，念斌案的特殊之处在于，警察的取证不仅仅是瑕疵的问题，已经涉及制造伪证，并且警方所作的解释和说明是虚假的。“这和之前的案件是不一样的。”吴宏耀举例称，张氏叔侄案也有证据上的疏漏和不足，但警方没有掩盖事实的做法，也没有故意制造虚假证据。
吴宏耀告诉笔者，该案件不但无法证明念斌是投毒者，甚至无法证明是一起投毒案。“目前死因不能确定，没有证据证明两个孩子死于投毒。”他认为食物中毒等其他原因也可能是致死的原因。“如果连投毒案都不构成，那就无所谓认定谁是凶手。”
“从法律上讲，宣判念斌无罪绝对是一个公正的判决。”吴宏耀解释道，当没有证据证明一个人实施了犯罪，甚至没有证据证明构成犯罪行为的时候，没有理由对任何人实施相应的法律追诉。
破破的桥说，有些网民认为，同为疑罪从无的案子，念斌案与美国的辛普森案类似。吴宏耀认为，念斌案与辛普森案不同。
吴宏耀解释道，念斌案中除了念斌的供述之外，没有任何证据能指控念斌有投毒行为。而辛普森案则有大量证据指向是辛普森犯下了罪行。此外，辛普森案可以确定有人实施了犯罪，而念斌案甚至不能确定是否构成犯罪。
“大家很同情被害人，这是可以理解的。但我们首先得证明这确实是投毒案，才能去寻找凶手。” 吴宏耀认为，虽然念斌案很难像张氏叔侄案一样有证据证明其无辜，但如果没有证据证明一个人有罪，那么就只能宣判其无罪，这是最基本的正义，也是法治社会的法律底线。
念斌案中，死者家属要求必须治一个人有罪才能实现他们的实体正义。在吴宏耀看来，这种做法是没有道理的。
吴宏耀提出，脱离程序的实体正义是不存在的。他认为，如果法律允许在没有足够证据的时候，根据实体正义判决一个人有罪，那这个社会是非常可怕的。“因为谁都可以说自己掌握的是实体正义”。
破破的桥在接受笔者采访时表示，实现程序正义即为经过一套法律程序后由中立的法官得出结论。“经过这套程序以后，得到的结论最接近真相，判决最接近正义。”在他看来，此案符合程序正义。
此外，还有人提到，为何本案中明显存在一些非法证据，但判决书中并没有采用证据排除，而采取了不采信的司法逻辑？