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吉林医药学院原为中国人民解放军第四军医大学吉林军医学院。学校创建于1952年，曾是一所具有光辉历史和优良传统的军队医学院校。2004年8月，经国务院、中央军委批准，学校由军队整体移交吉林省，纳入国家公办普通高校序列，面向全国招生，是吉林省唯一独立设置的西医本科院校。
学校坐落在中国魅力城市、北国雾凇之都—吉林省吉林市，是国家绿化模范单位。学校占地面积52.6万平方米，建筑面积26.6万平方米，固定资产总值7.9亿元。学校拥有一流的教学设施，有2.4万平方米的图书馆及5万平方米的实验大楼，所有教室均可实施现代化多媒体教学，能同时容纳1万名学生上课。学校目前全日制在校生8705人，其中本科生7191人。
学校设有9个教学单位（基础医学院、人文社会科学学院、药学院、护理学院、检验学院、公共卫生学院、口腔影像系、军事体育教学部、临床医学院）；3个直属单位（图书馆、信息中心、校医院）；1所直属附属医院，5所非直属附属医院。
学校现开设17个本科专业及专业方向，涵盖医、理、工、管4个学科门类：临床医学、医学影像学、预防医学、护理学、药学、药学（临床药学）、药物制剂、食品卫生与营养学、医学影像技术、医学检验技术、生物技术、应用心理学（医学心理学）、生物医学工程、食品质量与安全、信息管理与信息系统、市场营销（医药营销）、公共事业管理（卫生事业管理）；专科专业6个：临床医学、口腔医学、药学、护理、医学影像技术、医学检验技术。学校现有国家特色专业建设点1个，省特色专业4个，省优秀教学团队5个，省实验教学示范中心2个，国家精品课1门，省精品课14门；省优秀课31门。省高校“十二五”优势特色重点学科2个，省高校重点实验室1个，省卫生厅重点实验室2个，省中医药科研实验室6个。学校是省解剖学会、省微量元素科学研究学会理事长单位，省心理学会副理事长单位，省科学社会主义学会副会长单位，有24人担任国家二级学会理事和常务理事。主编国家级规划教材5部，是临床医学（生殖医学）规划教材评审委员会主任委员单位。获全国高校医药教材评比一等奖1项，省高校优秀教材奖8项。
学校现有专任教师568人，其中硕士及以上学位教师352人，有32人受聘博士、硕士研究生导师。新世纪百千万人才工程国家级人选1人，享受国务院政府特殊津贴1人，教育部新世纪优秀人才支持计划人选1人，省有突出贡献中青年专业技术人才1人，省拔尖创新人才3人，省教学名师2人，省优秀教师1人，省教育系统师德先进个人3人，省高校大学生思想政治教育先进个人1人。
学校重视科学研究，近三年，承担国家“十二五”科技重大专项——新药创制项目1项，国家自然科学基金项目7项，省级项目127项，其中重大科技项目1项，重点项目23项；获省科技进步奖5项，国家发明专利6项。
学校直属附属医院占地7.8万平方米，建筑面积7.6万平方米，资产总值3.1亿元。妇产科、口腔科为省重点专科，内科、外科、妇产科等8个专科为省住院医师规范化培训基地，腔镜治疗科、疼痛科为吉林市重点建设专科。拥有核磁共振等大中型医疗设备800台（件）。
当前，面对高等教育大发展的新机遇、新挑战，全校师生正以时不我待的责任感和紧迫感，发扬“博学厚德，扶伤济世”的校训精神，不断拓展办学的新领域、新层次、新空间，为把学校建设成为在吉林省有较大影响、东北地区有一定知名度的医药院校而不懈奋斗。
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