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进一步优化，名列部属高校前茅。有一批国内外知名专家、学者在校治学执教：其中中国科学院院士4人、中国工程院院士3人，11个 “长江学者”，山东拾泰山学者”特聘教授4人，“筑峰人才工程”、“绿卡人才工程”岗位教授13人，国家级有突出贡献的中青年专家 9 人，国家杰出青年基金获得者 12人，享受国务院政府特殊津贴专家 101人，入选国家“百千万人才工程”一二层次 8 人，入选教育部新（跨）世纪人才44人，中国青年科学家奖 1 人。中国当代著名作家王蒙担任顾问、教授、文学与新闻传播学院名誉院长，原国家海洋局局长王曙光受聘海大顾问、教授、海洋发展研究院院长，著名画家范曾担任人文社会科学研究院院长，6位诺贝尔奖获得者受聘为名誉教授，5位知名作家受聘为“驻校作家”，还有500多位国内外专家、学者组成的“客座教授团”以及来自十几个国家的40多位专家、学者组成的“海外教授团”。
“十五”以来，我校科技成果丰硕，国家三大科技计划项目数位居涉海单位之首： 主持“863”计划项目总经费2亿元，其中2006年学校“十一五”863计划项目合同总经费1亿元 ；国家自然科学基金每年平均2000万，列全国高校约第25位；主持3项国家重大基础发展规划（973）项目，占已立项涉海项目的30％，主持项目数列全国高校第9位。“十五”以来，我校获国家自然科学二等奖1项、国家科技进步二等奖3项、山东省科学技术最高奖1项、省部级一等奖22项、省部级二等奖34项、人文社会学科省部级以上奖励32项。被SCI、EI、ISTP等收录论文2800余篇，人均数列部属高校前列；申请发明专利592项，已授权的发明专利229项。
2006年4月，学校“十五”“211工程”建设顺利通过专家验收。2007年1月，学校获得教育部、国家海洋局、山东盛青岛市“985工程”二期共建支持。