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饲料化和工业用途要取决于当地的市场，也有一个成本问题。
秸秆收割的成本不低，特别是一些地方的收割机械设备不同时收割秸秆，需要动用人力收割，而农忙季节的劳动力也不便宜。此外，秸秆的经济价值不高，一旦收购方完全负担人工成本，就很难与其他原材料竞争。
3、秸秆直燃企业“骗补”现象突出
作为能源使用是解决大量秸秆应用的一个重要方法，国内也有很多的秸秆直燃和气化发电厂。
虽然国家发展改革委、财政部和农业部为秸秆利用提供了政策和资金支持，但要企业享受到这些待遇并不容易。一方面，已建成的生产线必须达到一定规模才有资格享受相关补贴；另一方面，申请补贴的手续非常复杂。
按照《秸秆能源化利用补助资金管理暂行办法》，每综合利用1吨秸秆补助150元。省级也会对一些生物质成型燃料生产企业进行扶持，每个企业补助5万元，持续发展、运行良好的企业，经验收认定，下一年度可继续给予奖励。但是，企业“骗补”在地方也时有出现，企业成立了，但并不开工的现象也存在不少。
用秸秆发电的企业，国家可以补贴到每度电七毛五，而火电补贴才只有一毛五左右。很多企业拿到国家财政补贴后，一关了之。比如，山东省从 1997年开始建设的 140处秸秆气化站，到 2007年已停用 96处，占总数的 68. 6%。情况并不乐观。
三、政策执行效果差强人意
从2001年至最新或2022（历届）年国家农业部和环境保护部门出台“环发”或“环办”等文件8份，政策出台密集且日益加压，但执行效果差强人意。
根据2011年11月国家发展改革委、农业部、财政部印发的《“十二五”农作物秸秆综合利用实施方案》，2010年全国秸秆可收集资源量约为7亿吨，秸秆综合利用率达到70.6%，利用量约5亿吨。其中，作为饲料使用量约2.18亿吨，占31.9%；作为肥料使用量约1.07亿吨（不含根茬还田，根茬还田量约1.58亿吨），占15.6%；作为种植食用菌基料量约0.18亿吨，占2.6%；作为人造板、造纸等工业原料量约0.18亿吨，占2.6%；作为燃料使用量（含农户传统炊事取暖、秸秆新型能源化利用）约1.22亿吨，占17.8%在该《方案》中，还提出了到最新或2022（历届）年力争秸秆综合利用率超过80％。
如果到最新或2022（历届）年结束目标达成，那么还剩下20%的秸秆没有被有效利用。而为了这20%没有利用起来的秸秆不被农民们一烧了之，各级政府和环保部门从卫星遥感监测到地面设立瞭望哨，全方位布控，严防死守，甚至派出工作人员到田间蹲守，目标就是“不着一把火，不冒一股烟”。
《大气污染防治法》第五十七条规定，违反规定露天焚烧秸秆的将由所在地县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令停止违法行为；情节严重的，可以处二百元以下罚款。事实上，政府超过50的罚款需要进行行政复议程序等，这依程序一走就要2到3个月。
按照目前的市场测算，1吨秸秆的价格在200元到250元，目前市场上至少有20%，也就是1.4亿吨秸秆有待消化。如果这部分秸秆得到综合利用，市场价值至少在280亿元。政府动用卫星遥感技术，耗费大量的人力物力，倒不如以奖代罚，直接将补贴发放给农民，鼓励农民实施稻秆还田，或者回收集中处理。要知道，光中石油、中石化两家公司最新或2022（历届）年拿到的国家财政补贴就近130亿元。