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南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、南京中医学院、江苏新医学院、南京中医学院等历史时期，是全国建校最早的中医药高等院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。建校60多年来，南京中医药大学为新中国高等中医教育培养输送了第一批师资、主持编写了第一套教材和教学大纲，培养了新中国中医药界最早的学部委员，为新中国中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“中国高等中医教育的摇篮”。
学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有仙林和汉中门两个校区。现有各类在校生近2万名，设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、心理学院共9所直属学院，28个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。
学校现有国家一级重点学科1个，国家二级重点学科2个，国家重点（培育）学科2个；江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科2个、重点序列学科2个；国家中医药管理局中医药重点学科33个。临床医学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球排名前1%。拥有中医学、中药学、中西医结合3个一级学科学位授权点和博士后科研流动站； 二级学科博士学位授权点14个，自主设置二级学科博士学位授权点17个；一级学科硕士学位授权点5个，二级学科硕士学位授权点23个，自主设置二级学科硕士学位授权点19个；有专业博士学位授权点1个，专业硕士学位授权点4个，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。学校现有国家级专业综合改革试点项目2个，国家级特色专业5个，卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目3个，国家级精品资源共享课程6门，国家级教学团队2个，国家级人才培养模式创新实验区1个，国家级实验教学示范中心3个，国家级大学生校外实践教育基地1个，国家级规划教材（主编）33部,国家级教学成果4项。现已建成27所附属医院、4所中西医结合临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所。
学校科研实力雄厚，是国家科技部新药临床试验研究（GCP）中心、国家发改委中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心、国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、国家级中药炮制技术传承基地、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省中医药研究与新药创制中心、江苏省中药资源产业化过程协同创新中心的依托建设单位。学校现有江苏高校协同创新中心2个，国家地方联合工程研究中心1个，省部共建教育部重点实验室1个，教育部工程研究中心1个，国家中医药管理局重点研究室3个，国家中医药管理局三级实验室8个，江苏省重点实验室2个，江苏省高校重点实验室4个，省级工程研究中心（工程实验室）6个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地1个。学校构建形成了“一个中心、四大板块”的科技平台布局，即江苏省中医药研究与新药创制中心和南京中医药大学科技园、南京高新技术开发区中药产业园区、中国医药城中医药研究院、江苏生命科技园，加快推进“产、学、研”结合，积极为地方经济社会发展服务。
学校有国医大师5人，“长江学者”特聘教授1名，国家杰出青年科学基金获得者5人，国务院学科评议组成员3人，国家“973计划”项目首席科学家1人，百千万工程国家级人选5人，国务院政府特殊津贴获得者51人，国家有突出贡献中青年专家1人，国家教学名师2人，全国模范教师1人，全国优秀教师6人。
学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、中国中医药文献信息检索中心南京分中心，同时也是首批获国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的高等中医药院校。2010年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了全球首家中医孔子学院，时任国家副主席习近平出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力。
面向未来，南京中医药大学将进一步继承和发扬办学的优良传统和作风，不断深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，加强内涵建设，提升办学水平，通过办学规模、结构、质量、效益的协调发展，积极创建“国际著名、国内一流”的中医药大学，努力跻身于全国具有鲜明特色的高水平大学行列