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牡丹江医学院创建于1958年，著名史学家郭沫若先生题写了校名。是黑龙江省东南部地区唯一一所省属全日制普通本科医药院校。1997年一次性通过原国家教委合格评估。2006年在国家本科教学水平评估中专家组给予了优秀的评价。2009年经国务院学位委员会批准为新增硕士学位立项建设单位。最新或2022（历届）年通过硕士学位立项建设单位整体验收。
学院现有教职工2600人，具有副高级以上职称600多人。专任教师580多人，具有博士学历88人(其中留学归国博士7人)，硕士学历550人。有龙江学者特聘教授1人，省级教学名师1人，省级教学团队2个，博士生导师5人，硕士生导师72人，全省卫生系统有突出贡献中青年专家17人，牡丹江市优秀中青年专家8人。聘请美国著名医学专家葛仁山教授来校工作，聘任共享院士2人、长江学者1人、客座教授19人。
学院占地面积72.5万平方米，建筑面积31.7万平方米，图书馆藏书100多万册，中外文期刊2300多种，校园网络系统先进，拥有各类网上教学资源3000多部。教学科研仪器设备总值1.7亿元，固定资产总值6.5亿元。《牡丹江医学院学报》在全国公开发行。
学院有8所附属医院，总床位数6116张。其中直属附属医院2所，床位2000张。附属红旗医院是具有1200张床位的 “全国百姓放心医院”、“全国示范医院”，是黑龙江省东南部地区具有明显优势的三级甲等医院。
学院面向全国25个省(市)、自治区招收本科生，现有全日制在校本、专科学生10114人。开设临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验学、护理学、康复治疗学、口腔医学、药学、制药工程、药物制剂、预防医学、信息管理与信息系统、公共事业管理、应用心理学、市场营销、医学影像技术、生物医学工程17个本科专业。其中口腔医学专业列为本科一表招生，医学影像学、临床医学、麻醉学、医学检验专业是省级重点专业，医学影像学专业是省级一类特色专业和国家级一类特色建设专业。人体解剖学、组织胚胎学、生物遗传学、病原生物学、影像设备学、诊断学是省级精品课程。
基础医学、生物学、药学3个一级学科及内科学、影像医学与核医学、外科学3个二级学科被评为省级重点学科，“抗纤维化生物治疗”实验室是黑龙江省重点实验室，“麻醉与危重病学”实验室是与哈尔滨医科大学协作的黑龙江省重点实验室，“组织损伤与修复”实验室、“肿瘤疾病防治”实验室是黑龙江省高校重点实验室。“生物化学与分子生物学实验室”、“生物学实验室”、“药学实验室”是中央与地方共建高校基础实验室。学院设有省级生物医药技术服务平台、校企共建工程技术研发中心和牡丹江市北药开发实验基地。学院还被列为全省特色应用型本科院校建设单位。
人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、生理学、生物化学与分子生物学、内科学、影像医学与核医学、药理学等学科于1997年开始与佳木斯大学、黑龙江中医药大学联合培养硕士研究生519人，已取得硕士学位人员223人。
2007年以来，我校教师共参编国家规划教材95部,其中主编9部，副主编16部。承担国家级科研课题29项，承担省部级科研课题55项，承担厅局级项目417项。获得省部级科研成果奖励25项。2009年，获得国家技术发明二等奖1项。发表科技论文2400多篇，180多篇论文被SCI、EI收录。
学校和俄罗斯海参崴国立医科大学、菲律宾法蒂玛大学、韩国首尔大学医学院、韩国仁川医科大学等国外院校建立了交流与合作关系。
学校始终把教育教学放在中心地位，强化素质教育，注重学生实践能力、动手能力、思维能力的培养，学生综合素质和适应能力不断增强，受到用人单位的欢迎，得到了社会的广泛认可。
学校遵循发展是第一要义的科学发展观，坚持“为农村办学、为基层服务”，把建设社会主义新农村和实现小康社会作为办学的责任。曾受到中共中央书记处、国家教育部、国家卫生部的高度评价，1989年荣获国家优秀教学成果特等奖。
建校以来，培养各级各类医学、药学毕业生近5万人，为黑龙江省和国家医疗卫生事业做出了重要贡献。
目前，全校教职工秉承“立德立行、唯实唯新”的校训，发扬“执着、爱校、求实、合作、创新、奉献”的牡医精神，为学院实现跨越式发展坚持不懈，共同奋斗!