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得纵向课题经费5.13亿元，主持“973”课题3项、国家自然科学基金重点项目12项；作为第一完成单位获国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖7项，省部级科技成果一等奖24项。2000年以来，我校有5项科研成果7次入选国家公布的年度科技十大新闻。2004年~2008年，国家科技部公布的Medline 收录论文排名中，我校连续5年在全国1000余所高校中位居前16名；2006年，侯凡凡教授的原创论文在国际顶尖医学杂志《N Engl J Med》（《新英格兰医学杂志》）上发表,影响因子51.296，该成果被美国内科学年报评为“2006年内科学领域最重要的14项研究进展之一”。
医疗实力: 拥有6个广东省医学重点专科， 广东省35项 “名医工程项目”我校占9项。有直属附属医院6所（南方医院、珠江医院、第三附属医院、江都医院、中西医结合医院和北?医院），其中第一临床医学院（南方医院）、第二临床医学院（珠江医院）都是高水平综合性教学医院，展开床位5000余张。在消化病诊治、肾病的综合治疗、中西医结合诊疗、肾肝移植、异体手移植、造血干细胞移植、心脑血管介入、创伤修复、新生儿重症救治和围产医学等方面形成了明显的特色优势。南方医院惠侨科被中央军委授予“模范医疗惠侨科”荣誉称号，并得到江泽民同志亲笔题词嘉勉。
产业开发: 自20世纪80年代以来，学校坚持以“科学技术是第一生产力”为指导思想，开创了全国高校产学研一体化先河，以自主研发的“三九胃泰”、“正天丸”、“无限极口服液”、 “尿毒清”等产品为基础，先后创建了深圳南方制药厂（三九集团前身）、南方李锦记营养保健品有限公司（现名无限极（中国）有限公司）、广州康臣药业有限公司等国际知名的医药企业。2004年转制地方以来，取得科技成果300余项，研制出国际上第一个SARS抗原检测试剂盒、国家1类新药全氟丙烷人血白蛋白微球注射剂、f-PAX系统等重量级的科研产品并成功转化