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在事业单位改革中，最引人注目的无疑是社保制度的改革。事业单位必须推进社保制度改革，首先是为了社会保障制度的统一，维护社会公平的需要。如在“养老双轨制”体制下，企业退休人员和机关事业单位退休人员的退休待遇差距日益加大，改革诉求也越来越大。其次，因事业单位现行的养老制度是在计划经济背景上形成的，随着事业单位自身改革必要性的凸显，这些旧制度的内在缺陷难以在既有体制框架内得到修补，也越来越难以维持。再次，各级财政实际上已经不堪重负，也促使事业单位必须进行社保制度的改革。
社保制度的改革关系到事业单位人员的切身利益。当前决策层的要求是完善事业单位及其工作人员参加基本养老、基本医疗、失业、工伤等社会保险政策，逐步建立起独立于单位之外、资金来源多渠道、保障方式多层次、管理服务社会化的社会保险体系。社保制度是经济利益、政治利益和社会效益的混合体。鉴于2008年国务院常务会议推行的5省市事业单位养老金试点改革的前车之鉴，今天，全面推进社保制度的改革依然考验着决策者的智慧与勇气。
企业与事业单位之间存在的退休待遇差异是社会保障制度改革面临的一个核心问题。当前比较得到认同的改革原则是统筹考虑企业、事业单位、机关离退休人员养老待遇水平，使事业单位工作人员基本养老保险实施社会统筹和个人账户相结合，养老保险费由单位和个人共同负担，实行“老人老办法、新人新制度、中人逐步过渡”，对改革前参加工作、改革后退休的人员妥善保证其养老待遇水平平稳过渡、合理衔接。同时，建立事业单位工作人员职业年金制度，并统筹考虑企业、事业单位、机关离退休人员养老待遇水平。与此同时，公务员的社保改革也需要同步推进，统筹考虑。
社保改革是事业单位改革中的“重头戏”，然而这里还需要注意——一是应妥善处理好改革前后待遇水平上的平稳衔接;二是要斟酌把握推动改革的时机与节奏。中国的很多改革都是从实践中来的，先摸着石头过河，通过一些改革试点，逐渐摸索经验，待有了比较成形的模式，再通过法律的形式把改革成果固化起来。也就是说，条件成熟的可率先改革，暂不具备条件的允许过渡，在不断总结经验的基础上，逐渐完善相关政策措施。
难度大：收入分配制度改革
事业单位绩效工资改革是事业单位改革的重要环节，关乎公平和效率。虽然国务院已经确定了分三步走，全面推进事业单位实施绩效工资改革，但如果具体实施起来，操作难度非常大。原因很简单，绩效工资改革涉及的事业单位类型多样，数量多，各单位情况千差万别，涉及人员众多，不好一概而论。
我国事业单位当前的绩效工资制度存在内在的制度缺陷。事业单位人员工资标准一直参照公务员工资标准执行，一旦对其进行绩效工资改革，事业单位职工普遍担心会使他们的利益受损。绩效考核体系的不健全，绩效指标设置不科学也将给事业单位绩效工资改革带来很大阻力。绩效工资通常按照工作年限、岗位等级、资历等进行区别。一些年龄大、绩效平平的人因而能够享受高工资，而刚入职的年轻人虽有才华，工资收入却往往很低。而且，从已经实施的绩效工资改革效果来看，绩效工资改革的激励作用尚不明显，绩效工资改革容易变成一种普涨工资的期待，而且也容易造成管理层权限的过度膨胀。
事业单位绩效工资发挥着提高公共服务质量，激发员工工作动力的双重作用。由于事业单位与政府部门和企业的性质与职能不同，其绩效工资不应根据利润最大化原则设置，而应围绕事业单位所提供的公共性服务的质量来设置。事业单位绩效工资的发放要与整个社会的发展阶段相适应，要缩小不同地区之间同类事业单位之间绩效工资的差距，还要缩小同一地区内不同事业单位之间的收入差距，缩小营利性事业单位与非营利性事业单位之间的绩效工资差距。另外，在进行事业单位绩效工资改革的时候，一定要保证事业单位绩效工资对公众的透明度。