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社保改革或面临资金难题
《条例》中“事业单位及其工作人员依法参加社会保险，工作人员依法享受社会保险待遇”的规定，再一次引发养老金“并轨”改革话题。
在很多研究社会保障的学者看来，事业单位的社保改革已成定局。
在李建忠看来，事业单位及其工作人员依法参加社会保险并非新提法，“《条例》进一步明确了改革方向，方案形成需要过程。”
但是，“养老金并轨”怎么并?钱从哪里来?《条例》并没有给出可操作性的规定。
2008年2月，国务院常务会议讨论并原则通过了《事业单位工作人员养老保险制度改革试点方案》，确定在山西等5省份先期开展试点，与事业单位分类改革配套推进。
清华大学就业与社会保障研究中心主任杨燕绥认为养老金并轨的最大难题是从哪里找钱，养老金制度有3个环节：找钱、管钱、发钱，而这3个环节首先是要找到钱，这也是事业单位改革遇到的最大难题，然后才是如何确定待遇，如何发放待遇。
老的运行模式能否改变
李建忠多年以来一直坚持的观点是，事业单位改革动力机制的形成，关键在于事业单位已经习以为常的“拨款+创收”的运行模式能否改变。“拨款+创收”模式是上世纪90年代事业单位财政困境和市场化改革导向双重作用孵化的结果，已经成为多数事业单位基本和常规的生存之道。
在这种模式下，事业单位一方面依靠财政补助维持运行，另一方面积极利用自身资源从市场获取收益。
这种模式最大的问题是背离了事业单位的公益性的基本目标。要改革这种模式，促进事业单位形成与公益属性相一致的动力和激励机制，需要资源和监管的双重保证。
首先，政府应切实保障公共服务的财政投入。根据分类改革的财政政策，对公益一类事业单位，比如提供义务教育的学校，财政将根据业务需要提供经费保障;对公益二类事业单位，比如医院，财政将根据其业务特点和财务收支状况，给予经费补助，并通过购买服务等方式予以支持。但其保障力度和对现有创收收益的替代水平，将对改革产生至关重要的影响。